Rqc包错误: "GhostScript was not found"

Question

我正在关注 Rqc package documentation所以我输入了以下内容:

library(Rqc)
folder <- system.file(package = "ShortRead", "extdata/E-MTAB-1147")
rqc(path = folder, pattern = ".fastq.gz")

但我收到以下错误:

Error in bitmap(file = filename, width = width, height = height, res =300) : GhostScript was not found

Answer 1

我正在运行最新版本的 RStudio (0.99.491)。首先，确保您已下载 GhostScript ( here )。然后，转到安装它的目录，找到可执行文件的路径。然后，执行以下操作:

Sys.setenv(R_GSCMD="C:/Program Files/gs/gs9.18/bin/gswin64c.exe")

该路径指的是我的特定.exe，因此您的可能会有所不同。基本上，引发错误的函数正在寻找 R_GSCMD 为其提供运行 GhostScript 的路径。它没有找到，所以抛出了一个错误。通过将 R_GSCMD 设置为路径，它现在知道要查找的位置。