r - knit HTML 不会将 html 保存在vignettes/中

Question

所以我有一个小插图，vignettes/test-vignette3.Rmd:

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title: "Sample Document"
output:
  html_document:
    highlight: kate
    theme: spacelab
    toc: yes
  pdf_document:
    toc: yes
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Header
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当我点击 knit HTML 按钮时，我得到以下信息:

processing file: test-vignette3.Rmd
output file: test-vignette3.knit.md


Output created: /tmp/RtmpKVpegL/preview-5ef42271c0d5.dir/test-vignette3.html

但是，如果我将此文件复制到 inst/doc 并点击 knit HTML 按钮，我会得到:

processing file: test-vignette3.Rmd
output file: test-vignette3.knit.md


Output created: test-vignette3.html

我的问题是:

1. 如何让 RStudio 将 vignettes/test-vignette3.Rmw 上 knit HTML 的输出保存到 vignettes 目录？
2. 如何让 RStudio 在 knit HTML 过程中不删除 test-vignette3.knit.md？ (我想要 .md，以便人们可以在我的 github 存储库上阅读它。)

我正在运行 RStudio 版本 0.98.836、rmarkdown 版本 0.1.98 和 knit 版本 1.5。

Answer 1

实际上，您不应该将 .html 输出保留在 vignettes/ 下，因为 vignette 输出应该由 R CMD build 生成。如果在构建源包时 HTML 输出文件已经存在，R 可能无法重新编译您的小插图，这意味着您可能会看到旧的(并且可能是错误的)结果，因为 HTML 文件不是从最新版本的 R 生成的。 .Rmd 文件。因此，RStudio 有意避免在 vignetttes 目录中写入 HTML 文件。

如果您选择忽略上面的警告，您当然可以在 R 控制台中运行 rmarkdown::render('your-vignette.Rmd')。

对于第二个问题，我也不建议您这样做，因为 Github 将 markdown 呈现为 HTML 的方式不同(与通过 rmarkdown 包完成的 Pandoc 转换相比)。通常，包插图会显示在 CRAN 上，例如，the knitr page在克兰上。但是，由于 rmarkdown 包尚未在 CRAN 上，因此您目前无法使用 vignette 引擎 knitr::rmarkdown (我想我们现在距离 CRAN 发布已经不远了)。不过，您可以考虑将 HTML 文件推送到 Github 页面。