r - bookdown中如何使用Rscript命令行工具建书

Question

由于交叉引用功能，我使用 bookdown 而不是 rmarkdown 来生成动态报告。我有多个报告要生成，所以我起草了一个 R 脚本来在 for 循环中调用 bookdown:render_book 来生成所有报告.不幸的是，它出错了。为简单起见，我构建了一个最小示例:

要呈现的 bookdown 文件(另存为 index.Rmd):

---
title: "test"
output: html_document
---

```{r test}
ext_var
```

build.R:

ext_var <- "test.html"
bookdown::render_book("index.Rmd", output_file = ext_var) # it will call `rmarkdown::render`.

当使用如下命令:Rscript build.R时，会产生如下错误信息:

$ Rscript build.R
Error in rmarkdown::render(main, output_format, ..., clean = clean, envir = envir,  :
  'ext_var'
Calls: <Anonymous> -> render_cur_session -> <Anonymous>
Please delete _main.Rmd after you finish debugging the error.

然后我将 build.R 改为使用 rmarkdown::render:

ext_var <- "test.html"
rmarkdown::render("index.Rmd", output_file = ext_var)

不会有任何错误。所以我想可能有一些问题需要解决。

sessionInfo():

R version 3.5.0 (2018-04-23)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=Chinese (Simplified)_China.936  LC_CTYPE=Chinese (Simplified)_China.936   
[3] LC_MONETARY=Chinese (Simplified)_China.936 LC_NUMERIC=C                              
[5] LC_TIME=Chinese (Simplified)_China.936    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] RevoUtils_11.0.0     RevoUtilsMath_11.0.0

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_0.12.17    bookdown_0.7    digest_0.6.15   rprojroot_1.3-2 backports_1.1.2
 [6] magrittr_1.5    evaluate_0.10.1 stringi_1.1.7   rstudioapi_0.7  rmarkdown_1.10 
[11] tools_3.5.0     stringr_1.3.1   xfun_0.1        yaml_2.1.19     compiler_3.5.0 
[16] htmltools_0.3.6 knitr_1.20  

同时提交 an issue #592在 rstudio/bookdown 存储库中。

Answer 1

作为you have discovered by yourself ，问题是由您的情况下的默认 render_book(clean_envir = TRUE) 引起的。

但是，还请注意 bookdown::render_book() 不应该与 bookdown 包中的输出格式以外的输出格式一起使用。换句话说，您不应期望 html_document 格式与 render_book 一起使用。如果需要交叉引用功能，请使用bookdown包中名称以2结尾的输出格式(如bookdown::html_document2 )，这些格式被设计为与 rmarkdown::render() 一起使用。参见 Section 3.4在 bookdown 书中获取更多信息。