workflow - 子工作流程和 include 指令之间有什么实际区别？ [蛇形]

Question

在 Snakemake 文档中， includes directive可以将另一个工作流程的所有规则合并到主工作流程中，并且显然可以显示在 snakemake --dag -n | dot -Tsvg > dag.svg 中。 Sub-workflows另一方面，如果您开发依赖于其输出的规则，则可以在主工作流程之前执行。

我的问题是:这两者有何不同？现在，我正在开发一个工作流程，看起来我只需使用 includes 就可以了。并将输出的名称放入 rule all主要工作流程。我什至可以将输出放在 input 中主工作流程规则，使得includes工作流在该规则之前执行。此外，无论出于何种原因，我都无法可视化包含子工作流的 DAG。 includes 子工作流程提供什么？指令不能做什么？

Answer 1

include 并不“合并另一个工作流程”。它只是添加来自另一个文件的规则，就像您通过复制/粘贴添加它们一样(有一个细微的差别，include 不会影响您的目标规则)。 子工作流具有一组独立的规则，这些规则一起工作以生成该子工作流的最终目标文件。因此它结构良好，并且与主工作流程和其他子工作流程隔离。

无论如何，我的个人经验表明 Snakemake 中存在一些错误，使得使用子工作流程变得相当困难。包含该文件非常简单明了。