r - ggplot2:如何使两个不同散点图中的因子符号保持相同？

Question

这个问题已经让我抓狂了。我正在尝试使用两个不同的数据集制作散点图。我的数据框是

structure(list(x1 = c(5L, 3L, 4L, 5L, 4L, 8L, 5L, 6L, 3L, 4L, 
5L, 6L, 8L, 4L), y1 = c(7L, 5L, 6L, 4L, 1L, 5L, 6L, 9L, 8L, 4L, 
5L, 6L, 7L, 8L), class1 = structure(c(1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 2L, 
2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L), .Label = c("A", "B"), class = "factor"), 
x2 = c(4L, 8L, 7L, 5L, 6L, 2L, 5L, 4L, 5L, NA, NA, NA, NA, 
NA), y2 = c(7L, 5L, 1L, 4L, 5L, 8L, 4L, 5L, 8L, NA, NA, NA, 
NA, NA), class2 = structure(c(3L, 2L, 2L, 2L, 3L, 2L, 2L, 
3L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L), .Label = c("", "A", "B"), class = "factor")), .Names = c("x1", 
"y1", "class1", "x2", "y2", "class2"), class = "data.frame", row.names = c(NA, 
-14L))

看起来像这样:

x1  y1  class1  x2  y2  class2
5   7   A       4   7   B
3   5   B       8   5   A
4   6   A       7   1   A
5   4   A       5   4   A
4   1   B       6   5   B
8   5   B       2   8   A
5   6   B       5   4   A
6   9   B       4   5   B
3   8   B       5   8   B
4   4   A
5   5   A
6   6   A
8   7   A
4   8   A

我想绘制两个散点图:

1. x1 与 y1
2. x2 与 y2

在每个散点图中，我希望符号形状由类 class1 和 class2 确定。由于类是 A 或 B，我希望符号形状在两个图中保持相同。

我正在使用以下代码来尝试执行此操作:

library(ggplot2)
theme_set(theme_bw()) # omit grey background

qplot(x1, y1, data=df, shape=I(21), fill=I("gray"), size = I(4),alpha = I(0))+
  stat_smooth(method="lm", se=FALSE, colour="black", size=1) + geom_point(shape=factor(class1),        size=I(4))

qplot(x2, y2, data=df, shape=I(21), fill=I("gray"), size = I(4),alpha = I(0))+
  stat_smooth(method="lm", se=FALSE, colour="black", size=1) + geom_point(shape=factor(class2),     size=I(4))

如果我的 x1/y1 和 x2/y2 的长度相同，则效果很好 - 在这种情况下，两个图中的符号保持相同。但是，如果数据集的长度不同(如上面的数据框示例)，则在第二个图中引入第三个符号。

有谁知道如何在两个图中获得 A 和 B 相同的符号？

编辑:如果我尝试 Didzis Elferts 下面建议的方法

ggplot(df,aes(x1,y1,shape=class1))+geom_point(size=4)+
scale_shape_manual(breaks=c("A","B"),values=c(15,16))

ggplot(df,aes(x2,y2,shape=class2))+geom_point(size=4)+
scale_shape_manual(breaks=c("A","B"),values=c(15,16))

我收到此错误:

Error: Insufficient values in manual scale. 3 needed but only 2 provided.

编辑 2:Didzis Elferts 推荐以下解决方案

df$class2<-factor(df$class2,levels=c("A","B"))

但是，当我尝试使用以下方法向每个散点图添加回归线时

ggplot(df,aes(x1,y1,shape=class1))+geom_point(size=4)+ scale_shape_manual(breaks=c("A","B"),values=c(15,16))+ stat_smooth(method="lm", se=FALSE, colour="black", size=1)

qplot(x2, y2, data=df, shape=class1)+ stat_smooth(method="lm", se=FALSE, colour="black", size=1) + geom_point(size=4)+ scale_shape_manual(breaks=c("A","B"),values=c(15,16))

ggplot2 为每个类添加了一条单独的回归线。相反，我只需要一条基于两个类的数据的回归线(即使它们具有不同的符号)。

Answer 1

问题是，在 class2 数据中，空单元格是因子水平之一。

str(df$class2)
 Factor w/ 3 levels "","A","B": 3 2 2 2 3 2 2 3 3 1 ...

您可以通过设置新的因子水平将此空单元格更改为NA。

df$class2<-factor(df$class2,levels=c("A","B"))

确保两个图具有相同图例和符号的一种方法是使用 scale_shape_manual()，然后设置 breaks= 和 values=(形状符号)您需要。

ggplot(df,aes(x1,y1,shape=class1))+geom_point(size=4)+
    scale_shape_manual(breaks=c("A","B"),values=c(15,16))

ggplot(df,aes(x2,y2,shape=class2))+geom_point(size=4)+
    scale_shape_manual(breaks=c("A","B"),values=c(15,16))

更新 - 一条回归线

要仅获得一条回归线，shape= 应直接放置在 geom_point() 的 aes() 内部。

ggplot(df,aes(x2,y2))+geom_point(size=4,aes(shape=class2))+
           scale_shape_manual(breaks=c("A","B"),values=c(15,16))+
           stat_smooth(method="lm", se=FALSE, colour="black", size=1)