r - 如何使用pairwise.t.test的结果(输出)创建数据框

Question

我的df:

df <- data.frame(
    measurement = runif(120, min=1, max=25),    
    group = rep(c("A","B","C","D"), each=3, times=10)
)

执行 t.test 并将结果放在新的 df 上

ttest_results <- data.frame(pairwise.t.test(df$measurement, df$group))

我收到此错误:

Error in as.data.frame.default(x[[i]], optional = TRUE, stringsAsFactors = stringsAsFactors) : 
  cannot coerce class ""pairwise.htest"" to a data.frame

我发现这个解决方案可行，但我真的想通过 R 解决这个问题

write.table(test[["p.value"]], file="output.csv", sep=",") 

Answer 1

以下 @user3710546 的评论，以下是如何获取用于成对比较的 p 值输出:

# Create dummy dataframe
df <- data.frame(
  measurement = runif(120, min=1, max=25),    
  group = rep(c("A","B","C","D"), each=3, times=10)
)

# Run  your test and save it to its own object
ttest_results <- pairwise.t.test(df$measurement, df$group)

# Get p-values in a dataframe
ttest_results$p.value

在 RStudio 中添加 $ 符号时，您可以注意到 p 值区域实际上存储在表中。

结果:

  A         B  C
B 1        NA NA
C 1 0.3999325 NA
D 1 1.0000000  1

现在您可以很好地显示您的 p 值并检查成对比较:

# Convert the data to a table
m<-as.table(p.vals)


# Plot p-values
# ----------------------
library("gplots")

windows(3,3)
balloonplot(t(m), 
            main ="p.values", 
            xlab ="", 
            ylab="",
            label = FALSE, 
            show.margins = FALSE)