networkx - 将 networkx 图移植到 graphviz，无需 pygraphviz

Question

我正在 Windows 机器上使用 Python 3，尽管付出了很多努力，但仍未能安装 pygraphviz。单独讨论。

我有networkx和graphviz模块...是否有一个范例可以在networkx中构建网络图并提取为graphviz格式以进行不使用pygraphviz的显示？

似乎drawing.nx_agraph和nx_agraph中的所有相关功能都需要pygraphviz，但我已经习惯使用networkx并且喜欢其中的功能。在networkx的文档中，它甚至说他们专注于图形对象的开发，而不是实际的显示。

Answer 1

我知道这是一个老问题，但我一直在寻找同样的事情:How to get dot notation from a graph in NetworkX ?

(如果您只对答案感兴趣，请跳过这一段。我实际上想显示 NetworkX 多重图，但即使 NetworkX 是用于操作网络和图形的强大 python 库，它在显示时的选项相当有限(渲染)图形和网络。NetworkX 使用 Matplotlib 提供可视化图形的基本功能，它没有可视化多重图的选项。NetworkX 不适用于可视化图形，因此在 NetworkX documentation 中，他们建议使用一些图形可视化工具 Cytoscape ， Gephi , Graphviz 。所有这些工具都有某种 python 接口(interface)，但最好的(最容易使用)是 graphviz ，它支持 Graphviz drawing software 的 DOT 语言。在 graphviz 中可视化图形非常简单方便，您可以使用一个诸如graph.view()之类的短行默认情况下会创建一个PDF文件并在系统默认的PDF查看器中打开它，但您也可以查看和创建SVG和PNG等图像文件。因此，将 NetworkX 图转换为 graphviz 图是理想的选择，为此，您需要将 NetworkX 图转换为 DOT 表示法，然后可由 graphviz 读取。)

Aric 的解决方案很简单，适用于打印图形的点表示法，但有点黑客，而且在我的情况下，我需要将点表示法保存在字符串变量中，以便我可以使用它在 graphviz 中创建图形来自该点符号。

networkx.drawing.nx_pydot.write_dot( source ) 是一个创建 DOT 格式并将其保存到路径(文件句柄)的函数。该函数的代码为:

@open_file(1, mode='w')
def write_dot(G, path):
    P = to_pydot(G)
    path.write(P.to_string())
    return

这为我们提供了答案的解决方案:

from networkx import path_graph
from networkx.drawing.nx_pydot import to_pydot

G = path_graph(4)
dot = to_pydot(G).to_string()
print(dot)

函数 to_pydot ( source ) 使用 pydot 库创建 pydot.Dot 对象，该对象具有 to_string ( source ) 方法，该方法返回字符串表示形式DOT 语言的图表。

附注:对于 render a DOT source code 中的 graphviz 你可以这样做:

from graphviz import Source
src = Source(dot) # dot is string containing DOT notation of graph
src.view()

附注:当您使用 Matplotlib(图像左侧)和 graphviz(图像右侧)可视化图形 networkx.margulis_gabber_galil_graph(3) 时，以下两张图片显示了差异: