Rscript 检测 R 脚本是否正在被调用/源自另一个脚本

Question

我编写了一个脚本，当它被获取时，检查该脚本是否正在使用 interactive() 交互运行。 。如果它以交互方式运行，则不会搜索命令行参数。但是，如果它不是以交互方式运行，它将搜索命令行参数并引发错误。

这通常很好，但有时我会编写第二个 R 脚本，我想独立运行它只是为了处理一些数据。因此 Script2 获取 Script1 的源，而 Script1 检测到它没有以交互方式运行，并开始搜索命令行参数并抛出错误。

除了interactive()还有没有办法脚本可以检测其上下文吗？例如，我希望在直接运行它时与加载它以访问其内部函数之一时有不同的行为。使用包我可以做类似 dplyr::arrange() 的事情访问arrange无需加载所有 dplyr。

编辑:我当前非常简陋的解决方法是启动交互式 session ，源Script1，使用 save.image()保存函数，然后在 Script2 中使用 load加载保存的.RData 文件。但显然这并不……优雅。

<小时/>

我认为我使用的确切代码并不那么相关，但如果有人认为这对答案很重要，请将其包括在内......

精简示例代码:

#!/usr/bin/env Rscript

library(optparse)

function1 <- function(etc,etc) {}
function2 <- function(etc,etc) {}

if(!interactive()) { 

    # example call
    # Rscript create_reference_file.R -c cd4cd8 -o /home/outputfolder/ 

    option_list = list(
        make_option(c('-c', '--cell'), type = 'character', default = NULL,
                    help = 'the name of the cell',
                    metavar = 'character'),
        make_option(c('-o','--outdir'), type = 'character', default = NULL, 
                    help = 'the location where you wish to store your output',
                    metavar = 'character'),
    )

    opt_parser <- OptionParser(option_list = option_list)
    opt <- parse_args(opt_parser)

    function1(opt); function2(opt) # etc etc, I do stuff with the opt inputs
}

Answer 1

编辑

好吧，这更像是 python 的 __name__ 技巧。 (下面之前的答案，由于历史原因保留。)

function1 <- function(etc,etc) {}
function2 <- function(etc,etc) {}

if (sys.nframe() == 0L) {
    library(optparse)
    # ...
}

它就像人们所希望的那样极简，不需要sourceing脚本来了解它的任何信息，并且即使在嵌套时似乎也能很好地工作。

通过查看脚本名称，可以使用其他可能的机制(需要附加功能)，按照 Rscript: Determine path of the executing script 。那里存在许多看似合理的(一些非常好的)解决方案，但它们都需要一个未在基础包中定义的预定义函数(或要获取的脚本中包含的重要代码)。如果您想“假设安装了软件包 X”，那么您的脚本可能会变得不可移植。

<小时/>

(之前的答案，我建议您使用上面的答案。)

我将把它作为一个 hack 扔掉......它只比你的解决方法稍微少一点janky，但它依赖于调用脚本了解一些东西called 脚本正在测试。

如果调用脚本设置了一个变量:

BEING_SOURCED_FROM_SOMEWHERE <- TRUE

然后 called 脚本可以检查它:

function1 <- function(etc,etc) {}
function2 <- function(etc,etc) {}

if (! exists("BEING_SOURCED_FROM_SOMEWHERE")) {
  library(optparse)
  # ...
}

我不喜欢它。它不像 python 那样灵活

if __name__ == "__main__":
    import optparse
    # ...

但我认为我不喜欢它，而不是你使用 save 和 load 来定义函数。