r - 如何使用 golem 在 Flexdashboard 包装器中制作 dockerized Shiny 应用程序？

Question

是否可以使用 Flexdashboard 作为 Open Analytics golem 包的一个包来制作一个 Shiny 的应用程序？之后可以dockerize吗？flexdashboard .Rmd 文件的工作流程如何？

到目前为止我的 Dockerfile

FROM rocker/shiny-verse:latest 

MAINTAINER Tim M.Schendzielorz "<a href="https://stackoverflow.com/cdn-cgi/l/email-protection" class="__cf_email__" data-cfemail="eb9f8286c59888838e858f91828e87849991ab8c84848c878e868a8287c5888486" rel="noreferrer noopener nofollow">[email protected]</a>"

# Install dependencies 

RUN  echo 'install.packages(c("dplyr","dbplyr","DBI","DT","plotly","flexdashboard","lubridate"), \
        repos="http://cran.us.r-project.org", \
        dependencies=TRUE)' > /tmp/packages.R \
        && Rscript /tmp/packages.R


# Copy configuration files into the Docker image
COPY shiny-server.conf  /usr/bin/shiny-server.conf
COPY shiny-server.sh  /usr/bin/shiny-server.sh

COPY flexdashboard.Rmd /usr/bin/flexdashboard.Rmd   

# make all app files readable (solves issue when dev in Windows, but building in Ubuntu)
RUN chmod -R 755 /usr/bin

# Add shiny user
RUN groupadd  user \
&& useradd --gid user --shell /bin/bash --create-home user

EXPOSE 3838



CMD ["R", "-e rmarkdown::run('/usr/bin/flexdashboard.Rmd')"]

我是 Docker 新手，似乎我需要将命令添加到应用程序规范中的 rmarkdown::run ，如此处所述:Deploy Shiny app with Flexdashboard并使用标准 shell 命令启动 Shiny 的服务器？感谢 Vincent 提供的 Dockertorrent，现在就尝试一下!

Answer 1

顺便说明一下，{golem} 不是开放分析包。

回答“我们可以用 golem 部署 flexdashboard 吗”，是的:

实现您想要做的事情的最佳方法是将您的 Rmd 放入 inst/ 中，并以这种方式修改 run_app:

run_app <- function(...) {
  rmarkdown::run(
    system.file("md.Rmd", package = "mypackage")
  )
}

请注意，对于 Docker，如果您需要 mypackage 内部的函数，则必须在 Rmd 顶部添加 library(mypackage)。

这样，您就可以使用 mypackage::run_app() 函数作为 Docker 文件的 CMD。

另请注意，{golem} 附带一个 add_dockerfile() 函数，该函数将捆绑安装应用程序所需的所有内容。但这不会将 Shiny 的服务器捆绑在其中。

参见:https://rtask.thinkr.fr/shinyapp-runapp-shinyappdir-difference/ ，特别是名为 RSTUDIO 产品 2/2:设置 Shiny 服务器进行测试的部分，作为 Dockerfile 设置 golem 应用程序 + Shiny 服务器的示例。

科林