docker - 如何添加默认脚本以在奇异容器中运行？

Question

我试图基于一个预先构建的anaconda2图像构建奇异容器，如下所示:

singularity build --sandbox hmmhc.sif library://shahzebmsiddiqui/easybuild/anaconda2:5.2.0
singularity exec hmmhc.sif python --version
Python 2.7.15 :: Anaconda, Inc.

基于此，我已经使用 singularity shell安装了 hmmhc程序。我想知道如何在内部激活程序，例如在图像内部运行以下行:

source ~/anaconda2/etc/profile.d/conda.sh
conda activate hmmhc

这样我就可以执行它:

singularity exec hmmhc.sif hmmhc-predict --help

Answer 1

如果使用Singularity definition file，则只能添加/编辑默认运行选项。我建议使用此选项以提高可重复性，但在这种情况下，并非严格要求使用此选项。

假设您按照github上的安装说明进行操作，则为该包创建了一个新的conda环境。问题是因为该conda环境不是默认环境。您可以改为将软件包安装到基本/默认conda环境中，然后将其提供给singularity exec。

# in singularity shell
conda config --prepend channels bioconda
conda install ghmm=0.9 'icu=58.*'
pip install git+https://github.com/artyomovlab/hmmhc#egg=hmmhc

# check the image works as expected
singularity exec hmmhc.sif/ hmmhc-predict --help