python - 编写 BIG pandas DataFrame 的最快方法

Question

我进行了一项测试，测试了 10 种写入 DataFrame 的方式和 10 种读取 DataFrame 的方式。我找到了测试 here (我做了一些调整并将 Parquet 添加到列表中)最好的方法是:

df.to_feather('test.feather') :
39.34544535900204s

table=pyarrow.Table.from_pandas(df)
pq.write_table(table, "test_parquet_write_snappy_dict.parquet",
               use_dictionary=True, version='2.0', compression='snappy') :
40.6873751259991s

table=pyarrow.Table.from_pandas(df, nthreads=4)
pq.write_table(table, "test_parquet_write_snappy_dict.parquet",
               use_dictionary=True, version='2.0', compression='snappy') :
41.051620177000586s

写作

和

pd.read_hdf('test_fixed.hdf', 'test') :
1.5275615360005759

pd.read_feather('test.feather') :
20.635139821002667

pd.read_pickle('test.pkl') :
37.21131302599679

阅读。

这是数据框:

sz = 50000000
df = pd.DataFrame({'A': randn(sz), 'B': randn(sz), 'C': randn(sz), 'D': randn(sz)})

我有两个问题。为什么 read_hdf 比 read_feather 快 20 倍，而 to_hdf 甚至没有出现在前三个写入测试中？

第二个，40 秒对我的需求来说还是太慢了。有没有办法提高这个速度？通过对 to_feather 或 write_table 使用不同的参数，或者使用我不知道的函数/模块？

我不是要找人来找我，我可以自己做，我不想浪费任何人的时间。我正在寻找已经知道这个问题并且可以引导我找到他所知道的最快方法的人。

Answer 1

这本身并不完全是一个答案，但这里有一个更全面的基准测试，针对像您这样的数据的各种方法...

import timeit

import numpy as np
import pandas as pd
from numpy.random import randn, randint


def generate_data(n):
    df = pd.DataFrame(
        {
            "dt": randint(1_600_000_000, 1_700_000_000, size=n) * 1000,
            "a": randn(n),
            "b": randn(n),
            "c": randn(n),
        }
    )
    df.dt = pd.to_datetime(df.dt, unit="s")
    df.set_index("dt", inplace=True)
    return df


def benchmark(df, name, saver, loader):
    verify(df, loader, saver)
    save_timer = timeit.Timer(lambda: saver(df))
    load_timer = timeit.Timer(lambda: loader().a.sum())
    save_n, save_time = save_timer.autorange()
    load_n, load_time = load_timer.autorange()
    total_time = (load_time / load_n) + (save_time / save_n)
    print(
        f"{name:<15s} : "
        f"{save_n / save_time:>20.3f} save/s : "
        f"{load_n / load_time:>20.3f} load+sum/s : "
        f"{1 / total_time: >20.3f} total speed"
    )


def verify(df, loader, saver):
    saver(df)
    loaded = loader()
    assert np.allclose(loaded.a.sum(), df.a.sum())
    assert np.allclose(loaded.b.sum(), df.b.sum())
    assert list(loaded.columns) == list(df.columns), loaded.columns


def save_feather(df):
    df = df.reset_index()
    df.to_feather("dummy.feather")


def load_feather():
    df = pd.read_feather("dummy.feather")
    df.set_index("dt", inplace=True)
    return df


def main():
    df = generate_data(5_000_000)
    benchmark(df, "dummy", lambda df: None, lambda: df)
    benchmark(df, "csv", lambda df: df.to_csv("dummy.csv"), lambda: pd.read_csv("dummy.csv", index_col="dt"))
    benchmark(df, "hdf", lambda df: df.to_hdf("dummy.h5", "dummy"), lambda: pd.read_hdf("dummy.h5", "dummy"))
    benchmark(df, "pickle", lambda df: df.to_pickle("dummy.pickle"), lambda: pd.read_pickle("dummy.pickle"))
    benchmark(df, "feather", save_feather, load_feather)
    benchmark(
        df,
        "parquet",
        lambda df: df.to_parquet("dummy.parquet", allow_truncated_timestamps=True),
        lambda: pd.read_parquet("dummy.parquet"),
    )


if __name__ == "__main__":
    main()

在我的盒子(Ryzen 7 3700X、SSD 磁盘、Windows 10、Python 3.8、最新的 Pandas 等)和一百万行 DF(无法等待 CSV 结果)上，我得到了

dummy           :         10475677.467 save/s :              186.737 load+sum/s :              186.734 total speed
csv             :                0.185 save/s :                0.970 load+sum/s :                0.156 total speed
hdf             :               18.289 save/s :               28.514 load+sum/s :               11.142 total speed
pickle          :               14.058 save/s :               31.962 load+sum/s :                9.764 total speed
feather         :               34.766 save/s :               41.436 load+sum/s :               18.904 total speed
parquet         :                7.707 save/s :               19.603 load+sum/s :                5.532 total speed

所以 HDF5 绝对不会快几个数量级。