r - Torque 集群上 R Bioconductor SVA 包的 ComBat() 函数的 OpenBLAS 问题

Question

我对ComBat() function有疑问来自SVA R 中的 Bioconductor 包。

在我的笔记本电脑上(运行 Linux Ubuntu 18 的 Latitude 5590)系统)，运行良好。但如果我在 TORQUE 集群上运行它，则调用 ComBat()函数生成无限等待循环:

"ComBat()" Found25batches

Note: one batch has only one sample, setting mean.only=TRUE

Adjusting for0covariate(s) or covariate level(s)

Standardizing Data across genes

OpenBLAS blas_thread_init: pthread_create: Resource temporarily unavailable

OpenBLAS blas_thread_init: RLIMIT_NPROC 903725 current, 903725 max

OpenBLAS blas_thread_init: pthread_create: Resource temporarily unavailable

OpenBLAS blas_thread_init: RLIMIT_NPROC 903725 current, 903725 max

OpenBLAS blas_thread_init: pthread_create: Resource temporarily unavailable

OpenBLAS blas_thread_init: RLIMIT_NPROC 903725 current, 903725 max

OpenBLAS blas_thread_init: pthread_create: Resource temporarily unavailable

OpenBLAS blas_thread_init: RLIMIT_NPROC 903725 current, 903725 max

OpenBLAS blas_thread_init: pthread_create: Resource temporarily unavailable

OpenBLAS blas_thread_init: RLIMIT_NPROC 903725 current, 903725 max

OpenBLAS blas_thread_init: pthread_create: Resource temporarily unavailable

你知道我该如何解决这个问题吗？

我上网查了一下，有些人已经有了 that problem ，与Python相关。这对我来说听起来很奇怪:如果这是一个 Python 问题，为什么它会出现在 R 中？

谢谢

Answer 1

我的一位同事(StackOverflow 外部)帮助我找到了解决方案。

我需要在我的 R 脚本中插入此命令:

Sys.setenv(OPENBLAS_NUM_THREADS="1")

就是这样。