fortran - Amber12 中的 `Fortran runtime error: End of file`

Question

我正在使用用于分子机械力场的amber12软件来模拟生物分子，我按照下一个链接Intallation of amber in Mac OS X中描述的安装说明进行操作。该程序实际上可以工作，但是当尝试执行软件的程序部分时，它会停止并显示

Fortran runtime error: End of file

1.这就是我所做的，首先访问包含文件的文件夹

N-terminal-2:~ javieralejandrorendoncarrillo$ cd Desktop/amber/Complex1

2.然后设置路径

N-terminal-2:Complex1 javieralejandrorendoncarrillo$ export AMBERHOME=/Users/javieralejandrorendoncarrillo/amber/amber12

3.最后通过下一个命令行执行程序:

N-terminal-2:Complex1 javieralejandrorendoncarrillo$ $AMBERHOME/bin/sander.MPI -O -i min.in -o min_complex.out -p complex.prmtop -c complex.inpcrd -r complex_min.crd &
[2] 13377
N-terminal-2:Complex1 javieralejandrorendoncarrillo$ At line 524 of file mdread.F90 (unit = 5, file = 'min.in')
Fortran runtime error: End of file

[2]-  Exit 2                  $AMBERHOME/bin/sander.MPI -O -i min.in -o min_complex.out -p complex.prmtop -c complex.inpcrd -r complex_min.crd
N-terminal-2:Complex1 javieralejandrorendoncarrillo$ 

文件 min.in 保存在文件夹 Complex 1 中，我在其中运行模拟，这是 min.in 的脚本>

Initial minimisation of our complex
 &cntrl
  imin=1, maxcyc=3000, ncyc=2500,
  cut=16, ntb=0, igb=1,
 &end

如何解决这个问题？语法有错误吗？有谁知道如何执行或者这是什么编程语言？

这是我安装的gfortran版本

N-terminal-2:~ javieralejandrorendoncarrillo$ gfortran -v
Using built-in specs.
COLLECT_GCC=gfortran
COLLECT_LTO_WRAPPER=/opt/local/libexec/gcc/x86_64-apple-darwin12/4.7.2/lto-wrapper
Target: x86_64-apple-darwin12
Configured with: ../gcc-4.7.2/configure --prefix=/opt/local --build=x86_64-apple-darwin12 --enable-languages=c,c++,objc,obj-c++,lto,fortran,java --libdir=/opt/local/lib/gcc47 --includedir=/opt/local/include/gcc47 --infodir=/opt/local/share/info --mandir=/opt/local/share/man --datarootdir=/opt/local/share/gcc-4.7 --with-libiconv-prefix=/opt/local --with-local-prefix=/opt/local --with-system-zlib --disable-nls --program-suffix=-mp-4.7 --with-gxx-include-dir=/opt/local/include/gcc47/c++/ --with-gmp=/opt/local --with-mpfr=/opt/local --with-mpc=/opt/local --with-ppl=/opt/local --with-cloog=/opt/local --enable-cloog-backend=isl --disable-cloog-version-check --enable-stage1-checking --disable-multilib --enable-lto --enable-libstdcxx-time --with-as=/opt/local/bin/as --with-ld=/opt/local/bin/ld --with-ar=/opt/local/bin/ar --with-bugurl=https://trac.macports.org/newticket --disable-ppl-version-check --with-pkgversion='MacPorts gcc47 4.7.2_2'
Thread model: posix
gcc version 4.7.2 (MacPorts gcc47 4.7.2_2) 

Answer 1

我有同样的错误消息:..file mdread.F90 (unit = 5, file = 'min_all.in')...

在调查此问题时，出于某种原因，我发现将 min_all.in 文件中的 ntpr=5 更改为 6 就消除了问题:

 &cntrl
  imin=1, maxcyc=200,
  ntpr=6,
 &end

对于这些事情，我不是抽屉里最锋利的刀，但我很难理解为什么这会为我解决这个问题。

ntpr 值仅定义将轨迹坐标发送到输出文件的频率，在本例中是每 6 步而不是每 5 步。