python - 使用 rpy.robjects 时出现一条消息 "Unable to determine R home: [WinError 2] The system could not find the specified file"

Question

我正在使用 rpy2 API 在 python 中实现一个简单的函数。

在 VScode 中，我设法打印一个置信区间，计算 Z 统计量调用使用 robjects 创建的函数，如图所示。但在打印值之前，我收到消息“无法确定 R 主目录:[WinError 2] 系统找不到指定的文件”。同样的消息出现在 Jupyter 中，但不允许我打印任何东西，当调用 rpy2 函数时，它得到错误“Conversion 'rpy2py' not defined for objects of type ' ' ".

另外，仅导入包本身“import rpy2.robjects”会检索相同的消息。单独导入 rpy2 不会显示任何内容。

我尝试将 Rscript.exe 和 R.exe 路径添加到系统变量，但没有成功，它们都没有(不确定我是否正确设置)，尝试重新安装 R，但没有成功。

关于如何解决这个问题的任何线索？

Image of the function being used and it's output in VSCode The output for the same function as before but in jupyter

Answer 1

错误的原因是 Windows R 更改了它的注册表结构，这使得当前 rpy2 的 R 安装路径检测已过时。我推了一个 PR解决这个问题，但与此同时，您的解决方案是设置 R_HOME 环境变量。

这是你可以做的:

import os
os.environ["R_HOME"] = r"C:\Program Files\R\R-4.2.0" # change as needed
import rpy2

只要在导入任何 rpy2 模块之前运行 os.environ... 行，就可以开始了。

附带说明一下，您还可以设置 os.environ["R_LIBS_USER"] 以使用每个用户的库路径。