scala - 用于生物信息学/生物统计学/医学研究的 Clojure 或 Scala

Question

关闭。这个问题是 opinion-based 。目前不接受答案。

---

想要改进这个问题吗？更新问题，以便 editing this post 可以用事实和引文来回答它。 .

已关闭 7 年前。

Improve this question

我不是专业程序员(我的领域是医学研究)，但我对C/C++和各种脚本语言相当有能力。不久前我对 Lisp 很感兴趣，但一直没有时间认真学习它。短暂接触后R我决定在函数式编程语言上投入更多时间。

我想要 JVM 语言的实用性，因此将范围缩小到 Clojure 和 Scala。据我了解，两者都可以使用现有的 Java 库，并且可以将性能关键的代码委托(delegate)给 Java，具有相对同等良好的性能的潜力。

这些语言在我需要它们的应用程序空间中如何比较？生物信息学中是否有使用其中任何一个的现实项目？

现有的代码将是一个重要的优势，因为这将是良好的文档和相当温和的学习曲线。另外，两者的并发模型相比如何？

任何人都有什么显着的优点/缺点吗？

Answer 1

我个人可以保证 Clojure 是完成此类工作的绝佳工具。 (我相信 Scala 也很棒，只是我的经验较少)。

我的个人研究领域是预测建模/机器学习领域，计算量非常大 - 所以我认为它与生物信息学或生物统计学有很多相似之处。

我个人的方法/设置包括:

• Incanter主要用作数据可视化工具。非常适合生成快速可视化，这些可视化在 REPL 中通常只是一行代码。还有很多统计和数值处理工具，我相信它们使用 Colt引擎盖下的图书馆。我不是 R 方面的专家，但我知道 Incanter 大致是“R 翻译为 Clojure/Lisp”。

• 根据需要利用相当多的 Java 库。其中一些是我自己的，例如我用 Java 编写的算法，以便从 JVM 中获得最佳的微调性能。但是您同样可以轻松地使用任何其他可用的优秀 Java 库，因为从 Clojure 调用 Java 非常简单(.methodName object param1 param2)

• 相当多的高阶函数可以自动化我的工作流程。例如，我有一个高阶函数，它将在指定的时间内在循环中运行任何类型的优化算法，然后生成每次迭代改进的 Incanter 图。这不是火箭科学，但很容易用几行 Clojure 编写代码。

• 永远不必真正担心性能。如果您愿意，您可以使 Clojure 运行得相当快(例如，使用类型提示、原始算术支持等)，但通常这是无关紧要的，因为无论如何您都会将 99% 以上的周期花费在经过良好优化的库代码中。因此，“粘合”代码中的一点开销可以忽略不计 - 我觉得通过使用动态的、高级的函数式语言来工作，我在个人生产力方面获得了更多。

• Clojure 的主要用途 concurrency features - 这一定是 Clojure 最强大的功能之一。我倾向于使用 STM 来编写具有互不干扰的事务的并发进程，然后在将来启动长时间运行的计算，以便我可以继续执行其他任务并等待结果通知。

• 缓慢增长的宏集合，可在需要时“扩展语言”。实际上，我使用宏的次数比我想象的要少(高阶函数通常是更好的选择)。但当您需要它们时，它们是无价的 - 这就是您真正欣赏 homoiconic language 值(value)的地方。 。由于它们有效地允许您向语言本身添加新语法，因此如果正确使用它们来构建您需要的 DSL，它们将非常强大。

简而言之 - 我认为作为研究人员，使用 Clojure 不会出错。

我可能不会使用它的一件事(目前)实际上是编写一个新的数值库 - 这可能会更好地在 Scala 或纯 Java 中完成，因为您可能希望采用更命令式/OOP 风格。