r - R 树状图故障中的热图函数

Question

对于我的一生，我无法理解为什么这种方法会失败，我真的很感激这里有一双眼睛:

heatmap.2(TEST,trace="none",density="none",scale="row", 
     ColSideColors=c("red","blue")[data.test.factors],
     col=redgreen,labRow="", 
     hclustfun=function(x) hclust(x,method="complete"),
     distfun=function(x) as.dist((1 - cor(x))/2))  

我得到的错误是:行树状图排序给出了错误长度的索引

如果我不包含 distfun，一切都会工作得很好并且响应 hclust 函数。任何建议将不胜感激。

Answer 1

对 dist 的标准调用计算提供的矩阵的行之间的距离，cor 计算提供的矩阵的列之间的相关性，因此上面的示例要工作，您需要转置矩阵:

heatmap.2(TEST,trace="none",density="none",scale="row", 
     ColSideColors=c("red","blue")[data.test.factors],
     col=redgreen,labRow="", 
     hclustfun=function(x) hclust(x,method="complete"),
     distfun=function(x) as.dist((1 - cor(  t(x)  ))/2))

应该可以工作。如果您使用方阵，您将获得有效的代码，但它不会计算您认为的内容。