python - 簇/ Blob 检测

Question

我来自细胞生物学世界，所以请事先原谅我缺乏知识。

我主要使用 ImageJ 进行图像处理，其中我们适合 2D-Gaussian 来检测簇/ Blob / Blob 。例如，请参见下图。



我正在尝试在 python 中实现类似的管道并遇到 opencv .我正在使用简单的 blob 检测器，它适用于隔离良好的集群，而在多个集群聚集在一起的情况下效果不佳。下面，左图是原始图像，右图是经过阈值处理后的图像。



我的检测器将“多集群”集群轮廓化为单个集群。有没有办法更智能地分割这些多集群集群？理想情况下，我想使用相同的 2D-Gaussian，但现在对任何事情都持开放态度？

Answer 1

尝试轮廓检测，看看它是否有效。

contours, hierarchy = cv2.findContours(image, cv2.RETR_TREE, cv2.CHAIN_APPROX_SIMPLE)
out = image.copy()
out = cv2.cvtColor(image, cv2.COLOR_GRAY2RGB)

for c in contours:
    cv2.polylines(out,[c],True,(255,0,0),1)