docker - 在docker文件中安装python包

Question

在我的 docker 文件中，我想安装 med2image python 包( https://github.com/FNNDSC/med2image )。我使用以下代码:

FROM ubuntu:16.04
RUN apt-get update && apt-get install -y --no-install-recommends \
    python3.5 \
    python3-pip \
    && \
apt-get clean && \
rm -rf /var/lib/apt/lists/*
RUN pip install nibabel pydicom matplotlib pillow
RUN pip install med2image

但是当我想构建图像时出现以下错误:

Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/6f/e5/948b023c7feb72adf7dfb26d90a13c838737bbf52be704f5ddd0878e3264/med2image-1.1.2.tar.gz
Complete output from command python setup.py egg_info:
Sorry, only Python 3.5+ is supported.

----------------------------------------
Command "python setup.py egg_info" failed with error code 1 in  /tmp/pip-install-FnNb_S/med2image/
The command '/bin/sh -c pip install med2image' returned a non-zero code: 1

我该怎么办？!

Answer 1

推荐的基础镜像
正如我在评论中所建议的，您可以编写一个 Dockerfile，如下所示:

FROM python:3

RUN pip install --no-cache-dir --upgrade pip && \
    pip install --no-cache-dir nibabel pydicom matplotlib pillow && \
    pip install --no-cache-dir med2image

CMD ["cat", "/etc/os-release"]

上面的命令示例可以在运行时 ( docker build --pull -t test . && docker run --rm -it test ) 确认此镜像基于 GNU/Linux 发行版“Debian stable”。
通用 Dockerfile模板
最后给出一个全面的答案，请注意，关于 Python 依赖项的一个好的做法是在专用文本文件(按字母顺序)中以声明方式指定它们，因此对于您的示例，您可能需要编写以下文件:

requirements.txt

matplotlib
med2image
nibabel
pillow
pydicom

and use the following generic Dockerfile

FROM python:3

WORKDIR /usr/src/app

COPY requirements.txt ./

RUN pip install --no-cache-dir --upgrade pip && \
    pip install --no-cache-dir -r requirements.txt

COPY . .

CMD [ "python", "./your-daemon-or-script.py" ]

更准确地说，这是Docker官方镜像 python 文档中建议的方法。 ，§。 How to use this image