python - 如何将库添加到 pymol？

Question

我已经下载了 pymol 并在我的 Mac 上使用。我从应用程序文件夹中打开它。我可以在其中成功运行 python 脚本。但是，我无法导入该脚本中的任何库。我目前知道将可导入库添加到 python 环境的方法是通过 anaconda navigator。有没有办法让 anaconda 将 pymol 应用程序视为一个环境，然后我可以向其中添加库？

是否有更简单的方法来添加库？我尝试过使用 pip install，但我不太了解它，并且一直无法找到将 pip install 到我的 pymol 环境中的方法。

抱歉，如果这个问题的答案非常简单，那么我是编程新手。

Answer 1

• PyMol 安装程序会安装自己的 Python3。
• 要使用系统 anaconda 安装 PyMOL，请使用 conda install -c schrodinger pymol。
• 不安装 Anaconda you have to compile it安装python3-dev libglm-dev freeglut3-dev libglew-dev libpng12-dev libfreetype6-dev build-essential libxml++3.6-dev后，这是出了名的困难。
• 从您的系统/conda python 中创建符号链接(symbolic link)(例如在 Mac 上ln -s/Applications/PyMOL.app/Contents/lib/python3.7/site-packages/pymol/Users/myname/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/pymol) 用于 pymol 以及 Egg 文件和 Schrödinger 制作的依赖项 apbs freemol glew mengine mpeg_encode mtz2ccp4_px pdb2pqr pmw > 和 pip 非薛定谔 libopenblas 或类似的黑客似乎对任何人都不起作用 - 许多人都尝试过。

因此，如果您想在 PyMOL 中使用脚本并安装库，只需在 PyMOL 中调用 python，例如 Mac 上的 /Applications/PyMOL.app/Contents/bin/python3.7 。在 Linux 上，您可能使用 conda install -c schrodinger pymol 安装，但最终不会得到 1.8，因此这不适用。在 Windows 上，您必须找到它的安装位置(PyMOL 中的 import sys 和 print sys.executable)。

因此，如果您想在 Python 代码中使用 PyMOL conda install -c schrodinger pymol 或编译它(如果是 pip)。是的，这很浪费，你必须重新添加许可证。
关于此模式，记得运行时不显示 pymol_argv = ['pymol', '-qc'] 或 __main__.pymol_argv = ['pymol', '-qc'].