r - 将成对距离转换为 R 中的距离矩阵

Question

我有成对距离，需要显示/转换为距离矩阵。 R 应该有一个函数，但我不确定是哪一个或如何使用它。我的数据如下所示

A1  A1  0.90
A1  B1  0.85
A1  C1  0.45
A1  D1  0.96
B1  B1  0.90
B1  C1  0.85
B1  D1  0.56
C1  C1  0.55
C1  D1  0.45
D1  D1  0.90

我想将其转换/显示如下

      A1      B1      C1      D1
A1    0.90    0.85    0.45    0.96
B1            0.90    0.85    0.56
C1                    0.55    0.45
D1                            0.90

我该怎么办？谢谢

Answer 1

您可以使用 reshape :

df <- read.table(textConnection("
A1  A1  0.90
A1  B1  0.85
A1  C1  0.45
A1  D1  0.96
B1  B1  0.90
B1  C1  0.85
B1  D1  0.56
C1  C1  0.55
C1  D1  0.45
D1  D1  0.90"))

dfr <- reshape(df, direction="wide", idvar="V2", timevar="V1")
dfr
#   V2 V3.A1 V3.B1 V3.C1 V3.D1
# 1 A1  0.90    NA    NA    NA
# 2 B1  0.85  0.90    NA    NA
# 3 C1  0.45  0.85  0.55    NA
# 4 D1  0.96  0.56  0.45   0.9

d <- as.dist(dfr[, -1])
d
#      1    2    3
# 2 0.85          
# 3 0.45 0.85     
# 4 0.96 0.56 0.45

# reset labels
attr(d, "Labels") <- dfr[, 1]
d
#      A1   B1   C1
# B1 0.85          
# C1 0.45 0.85     
# D1 0.96 0.56 0.45

<小时/>

@alexis_laz提到的解决方案似乎更优雅:

as.dist(xtabs(df[, 3] ~ df[, 2] + df[, 1]))
#      A1   B1   C1
# B1 0.85          
# C1 0.45 0.85     
# D1 0.96 0.56 0.45