resize - 如何调整 nifti(nii.gz 医学图像)文件的大小

Question

我有一些不同形状的nii.gz格式的医学图像。我想将所有图像调整为相同的形状以便提供给深度学习模型，我尝试使用 nibabel 的 resample_img()，但它破坏了我的图像。我想做一些其他功能只是将其调整为特定形状，比如 (512,512,129)。

有人请在这方面帮助我。我在这个步骤中停留了很多天。

Answer 1

也许你可以用这个:

https://scikit-image.org/docs/dev/api/skimage.transform.html

我在其中一篇论文中看到了它。这是函数 ScaleToFixed 中的示例:

https://github.com/sacmehta/3D-ESPNet/blob/master/Transforms.py

我是这样做的。我有 320x320x130 形状的体积(黑色和白色，所以没有 rgb 尺寸)。我想让它小一倍。这对我有用:

import skimage.transform as skTrans
im = nib.load(file_path).get_fdata()
result1 = skTrans.resize(im, (160,160,130), order=1, preserve_range=True)