替换丢失顺序的 data.frame 中的值

Question

在我的玩具 data 中，对于每个独特的 study，numeric 变量(sample 和 group) 的顺序必须从 1 开始。但是:

例如，在study 1中，我们看到有两个独特的sample值(1 & 3), 所以 3 必须替换为 2.

例如，在study 2中，我们看到有一个唯一的group值(2)，所以它必须替换为1。

在 study 3 中，sample 和 group 看起来都不错，这意味着它们的唯一值是 1 和 2(无需替换)。

对于这个玩具数据，我的期望输出如下所示。但我很欣赏一个功能性解决方案，它可以自动替换 data.frame 中任意数量的 numeric 变量，这些变量已经丢失了它们的顺序，就像我在我的玩具 data 中展示的那样。

m="
study sample group outcome
1      1     1       A
1      1     1       B
1      1     2       A
1      1     2       B 
1      3     1       A
1      3     1       B
1      3     2       A
1      3     2       B

2      1     2       A
2      1     2       B
2      2     2       A
2      2     2       B
2      3     2       A
2      3     2       B

3      1     1       A
3      1     1       B
3      1     2       A
3      1     2       B
3      2     1       A
3      2     1       B
3      2     2       A
3      2     2       B"

data <- read.table(text=m, h=T)

Desired_output="
study sample group outcome
1      1     1       A
1      1     1       B
1      1     2       A
1      1     2       B 
1      2     1       A
1      2     1       B
1      2     2       A
1      2     2       B

2      1     1       A
2      1     1       B
2      2     1       A
2      2     1       B
2      3     1       A
2      3     1       B

3      1     1       A
3      1     1       B
3      1     2       A
3      1     2       B
3      2     1       A
3      2     1       B
3      2     2       A
3      2     2       B"

Answer 1

你可以这样做:

library(dplyr)

data %>% 
  group_by(study) %>% 
  mutate(across(tidyselect::vars_select_helpers$where(is.numeric),
                function(x) as.numeric(as.factor(x)))) %>%
  as.data.frame()

生成的数据框如下所示:

   study sample group outcome
1      1      1     1       A
2      1      1     1       B
3      1      1     2       A
4      1      1     2       B
5      1      2     1       A
6      1      2     1       B
7      1      2     2       A
8      1      2     2       B
9      2      1     1       A
10     2      1     1       B
11     2      2     1       A
12     2      2     1       B
13     2      3     1       A
14     2      3     1       B
15     3      1     1       A
16     3      1     1       B
17     3      1     2       A
18     3      1     2       B
19     3      2     1       A
20     3      2     1       B
21     3      2     2       A
22     3      2     2       B