python - 如何根据某个原子上连接的氢原子数来分离分子列表？

Question

我有分子式为 C9H17B 的烯烃分子。我怎样才能将这些分子分成三类，一类是 C-B-H2，一类是 C2-B-H，一类是 C3-B。我该怎么做？我尝试过使用微笑，也尝试过使用 mol，但我的方法不起作用。

Answer 1

要查找特定的子结构，请使用 SMARTS。

https://www.daylight.com/dayhtml/doc/theory/theory.smarts.html

如果我没看错，这就是您要查找的三种硼。

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw

smiles = ['CCB', 'CCBC', 'CCB(C)(C)']

mols = [Chem.MolFromSmiles(s) for s in smiles]
Draw.MolsToGridImage(mols)

用三个连接 BX3 和氢的数量 H2、H1、H0 为硼编写 SMARTS。

smarts = ['[BX3;H2]', '[BX3;H1]', '[BX3;H0]']
patts = [Chem.MolFromSmarts(s) for s in smarts]

现在您可以证明每个分子中的子结构。

for p in patts:
    for m in mols:
        print(m.HasSubstructMatch(p))
    print()

True
False
False

False
True
False

False
False
True