r - 如何在 R 中绘制无向连通图？

Question

我想像上传的图片一样绘制图形(这是一个无向连通图)。

我想使用邻接矩阵来绘制它。

所以我的问题是如何从邻接矩阵绘制图形。

理想情况下，我希望情节看起来像所附图片。

我尝试了 R 中的 igraph 包:

data <- matrix(c(0,1,0,0,1,
                 1,0,1,0,0,
                 0,1,0,1,0,
                 0,0,1,0,1,
                 1,0,0,1,0),nrow=5,ncol = 5)
colnames(data) = rownames(data) = LETTERS[1:5]
data

network <- graph_from_adjacency_matrix(data)


plot(network)

但这会造成一个循环。

有什么帮助吗？

Answer 1

只需要矩阵的上(或下)三角形为 1，其他地方为 0。确保您还设置了 mode = "upper"

library(igraph)

data <- matrix(0, 5, 5, dimnames = list(LETTERS[1:5], LETTERS[1:5]))
data[upper.tri(data)] <- 1

data
#>   A B C D E
#> A 0 1 1 1 1
#> B 0 0 1 1 1
#> C 0 0 0 1 1
#> D 0 0 0 0 1
#> E 0 0 0 0 0

network <- graph_from_adjacency_matrix(data, mode = 'upper')

plot(network)

或者，如果您想要更加自定义的外观(我认为您的草图比默认的 igraph 绘图更美观)，请使用 ggraph:

library(ggraph)

ggraph(network) +
  geom_edge_link(aes(label = paste0('a', 1:10)), angle_calc = 'along',
                 vjust = -0.5, label_colour = 'red') +
  geom_node_circle(aes(r = 0.1), fill = "#dbdccf") +
  geom_node_text(aes(label = name), color = 'blue4', fontface = 2,
                 size = 8) +
  coord_equal() +
  theme_graph() +
  theme(plot.background = element_rect(color = NA, fill = "#f5f6e9"),
        panel.grid.major.y = element_line(size = 0.5, color = 'gray90'),
        panel.grid.minor.y = element_line(size = 0.5, color = 'gray90'))