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我有一个 DNA 序列的“测试”文件,每个序列都有一个标题或 ID,如下所示:
>new
ATCGGC
>two
ACGGCTGGG
>tre
ACAACGGTAGCTACTATACGGTCGTATTTTTT
我想在匹配给定字符串之前和之后打印每个连续字符串的长度,例如CGG
输出将如下所示:
>new
2 1
>two
1 5
>tre
4 11 11
或者可以只在每行的匹配前后设置字符长度。
2 1
1 5
4 11 11
我第一次尝试使用 sed 在找到 '>' 后打印下一行,然后找到“CGG”的每个 grep 匹配项的字节偏移量,我将使用它来转换为长度,但这产生了以下结果:
sed -n '/>/ {n;p}' test | grep -aob "CGG"
2:CGG
8:CGG
21:CGG
35:CGG
本质上,grep 正在打印每个匹配项的字节偏移量,向上计数,而我希望独立地为每一行打印字节偏移量(即在每一行之后重置)。
我想我也需要使用 sed 进行搜索,因为它逐行运行,但我不确定如何计算给定字符串中的字节偏移量或字符。
任何帮助将不胜感激。
最佳答案
通过在 awk 中使用给定的字符串作为字段分隔符,就像遍历每一行的字段并打印它们的长度一样简单。 (以 >
开头的行,我们按原样打印。)
这为您的示例数据提供了所需的输出,但您可能想要检查边缘情况,例如以 CGG
开头的情况, 以 CGG
结尾, 只包含 CGG
等
$ awk -F CGG '/^>/ {print; next} {for (i=1; i<=NF; ++i) {printf "%s%s", length($i), (i==NF)?"\n":" "}}' file.txt
>new
2 1
>two
1 5
>tre
4 11 11
awk -F CGG
使用“CGG”作为字段分隔符调用 awk。这会将每一行解析为一组字段,这些字段由字符串“CGG”的每次出现(如果有)分隔开。 “CGG”字符串本身既不包含在任何字段中,也不属于任何字段。
因此行ACAACGGTAGCTACTATACGGTCGTATTTTTT
被解析为三个字段:ACAA
, TAGCTACTATA
, 和 TCGTATTTTTT
,在 awk 程序中表示为 $1
, $2
, 和 $3
, 分别。
'/^>/ {print; next}
这个模式/ Action 告诉 awk 如果该行以 >
开头打印该行并立即转到下一行输入,而不考虑 awk 程序中的任何其他模式或操作。
{for (i=1; i<=NF; ++i) {printf "%s%s", length($i), (i==NF)?"\n":" "}}
如果我们执行此操作,我们知道该行不是以 >
开头(往上看)。由于只有一个 Action 而没有模式,因此对于到达此处的每一行输入都会执行该 Action 。
for 循环遍历所有字段(NF
是一个特殊的 awk 变量,它包含当前行中的字段数)并打印它们的长度。通过检查我们是否到达了最后一个字段,我们知道是打印换行符还是只打印一个空格。
关于string - 在 bash 或 sed 中逐行计算匹配前后的字符串长度,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/37997728/
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