r - 使用 matrixStats::rowMedians 查找每一行的中位数

Question

我正在尝试使用 matrixStats 包中的 rowMedians 计算数据框 df 的行中位数。

Abundance Sample1 Sample2 Sample3 Sample4 Sample5 Sample6 Sample7
Species1   2        4       0       0       0       6       0
Species2   3        5       6       4       0       0       0
Species3   3        7       2       5       8       0       0
Species4   0        0       3       8       0       0       8
Species5   7        5       6       0       0       4       4
Species6   4        2       3       0       0       2       1

我想计算每一行的中位数并将它们追加到一个新列中。我遇到了一个错误

Argument 'x' must be a vector or matrix

所以我尝试将我的 df 转换为矩阵。 str 函数显示该物种的每个值都是数字，因此我尝试了:

library(matrixStats)
matrix(df, rownames.force = NA)
rowMedians(df)

但我仍然遇到同样的错误。感谢您的帮助。

Answer 1

您不想在中位数计算中包括 Abundance 列。让 df 成为您当前的数据框。

library(matrixStats)
rowMedians(as.matrix(df[-1]))

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除了上面的正确代码之外的一些注释。

1. 你检查过matrix(df)是什么了吗？
2. 即使它正确地返回一个数字矩阵，它也不会覆盖 df。所以 rowMedians(df) 给你同样的错误，就好像什么都没发生一样；
3. 作为练习，比较 as.matrix(df[-1]) 和 as.matrix(df)。

了解这些问题可以防止您将来犯错误。