r - 如何比较两个树状图(在 R 中)之间的 "similarity"？

Question

我有两个树状图，我希望将它们相互比较，以找出它们的“相似性”。但我不知道有什么方法可以做到这一点(更不用说实现它的代码了，比如在 R 中)。

有线索吗？

更新 (2014-09-13):

自从提出这个问题以来，我编写了一个名为 dendextend 的 R 包，用于树状图的可视化、操作和比较。该软件包位于 CRAN并配有detailed vignette 。它包括诸如 cor_cophenetic、cor_bakers_gamma 和 Bk/Bk_plot 等函数。以及用于直观比较两棵树的 tanglegram 函数。

Answer 1

比较树状图与比较层次聚类不太一样，因为前者包括分支的长度以及 split ，但我也认为这是一个好的开始。我建议您阅读 E. B. Fowlkes 和 C. L. Mallows (1983)。 “比较两个层次聚类的方法”。美国统计协会杂志 78 (383): 553–584 (link) 。

他们的方法基于在每个级别k砍伐树木，获得一个测量值Bk，将分组比较为k个簇，并且然后检查 Bk 与 k 图。测量Bk基于查看成对的对象并查看它们是否属于同一簇。

我相信人们可以根据这种方法编写代码，但首先我们需要知道树状图在 R 中是如何表示的。