r - 在 Windows 上的 rStudio 上将 r markdown 编织为 pdf 时出现错误 43

Question

我正在同事的 Windows 上运行 rStudio 项目(我在 Mac 上工作，所以不在自己的领域)。

当我尝试将 .rmd 文件编译为 pdf 时，出现此错误:

"C:/Program Files/RStudio/bin/pandoc/pandoc" +RTS -K512m -RTS Plot_per_DPUO.utf8.md --to latex --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash-implicit_figures --output "Grafici Professioni/Periodo apr-14 ott-15 test/DH ALLERGOLOGIA - SAN PAOLO.pdf" --template "C:\Users\lucilla.rava\Documents\R\win-library\3.1\rmarkdown\rmd\latex\default.tex" --highlight-style tango --latex-engine pdflatex --variable "geometry:margin=1in" 
pandoc.exe: Could not find image `Grafici%20Professioni\Periodo%20apr-14%20ott-15%20test\DH%20ALLERGOLOGIA%20-%20SAN%20PAOLO_files/figure-latex/set-options-1.pdf', skipping...
pandoc.exe: Error producing PDF from TeX source.
! I can't find file `C:/Users/LUCILL'.
<to be read again> 
                   \protect 
<*> C:/Users/LUCILL~
                    1.RAV/AppData/Local/Temp/tex2pdf.3172/input.tex
Please type another input file name
! Emergency stop.
<to be read again> 
                   \protect 
<*> C:/Users/LUCILL~
                    1.RAV/AppData/Local/Temp/tex2pdf.3172/input.tex
!  ==> Fatal error occurred, no output PDF file produced!
Transcript written on C:/Users/LUCILL~1.RAV/AppData/Local/Temp/tex2pdf.3172/tex
put.log.

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 Rerun with Debug
 Error: pandoc document conversion failed with error 43 

我留下了完整路径，因为我注意到用户路径中有一些奇怪的东西。日志打印此片段:

`C:/Users/LUCILL'.
    <to be read again> 
                       \protect 
    <*> C:/Users/LUCILL~
                        1.RAV

用户名与应有的名称不同 (lucilla.rava)。

在 mac 上编译不会出现错误，因此问题不应该出现在代码中。

值得注意的是:我在 Mac 上通过 Google Drive 共享的文件夹中创建了该项目。

更新1:感谢@Gnusper，我们注意到存在路径分隔符错误。 Unix 和 Windows 路径是混合的。我需要一种方法来消除混合。

在我的代码中，我使用以下代码定义了路径:

    months.vec <- get.months(unique(Data$Periodo))
    months.vec <- format(months.vec, '%b-%y')

    if (type == 1) folder.name <- 'Grafici Generali'
    else if (type == 2) folder.name <- 'Grafici Professioni'
    else if (type == 3) folder.name <- 'Grafici Indicazioni'

    folder.path <- file.path(folder.name, sprintf('Periodo %s %s%s', months.vec[1], tail(months.vec, 1), test))

    dir.create(folder.path, recursive = T, showWarnings = F)

    for (UO in unique(Data$UO)[1:5]) {
        print(file.path(folder.path, sprintf('%s.pdf', sub(pattern = "/", replacement = ' ', UO, fixed = T))))
        render('Plot per DPUO.Rmd', clean = T, output_file = file.path(folder.path, sprintf('%s.pdf', sub(pattern = "/", replacement = ' ', UO, fixed = T))))
    }

我在 Windows 机器上对一个全新的 R 项目进行了一些测试，结果如下:

> file.path('affs', '0sdfsdf')
[1] "affs/0sdfsdf"
> .Platform$file.sep
[1] "/"
> 

路径分隔符仍然与 Unix 类似。阅读 file.path 的帮助我发现了这个:

file.path(..., fsep = .Platform$file.sep)

[...]

Note

The components are by default separated by / (not ) on Windows.

出于某种原因，该函数也在 Windows 上实现了 Unix 分隔符...然后我尝试运行 .Platform$file.sep <- '\\'。但是当我使用 file.path() 时，我仍然得到“/”分隔符。因此参数中的 fsep = .Platform$file.sep 不会在每次运行函数时进行评估。

在新项目中我做了更多测试:

dir.create(file.path('ssdg','fgsfdg'), recursive = T, showWarnings = F)
write(c(1,2,3,4,5), file = 'ssdg/fgsfdg/test.txt')
write(c(1,2,3,4,5), file = 'ssdg\\fgsfdg\\test2.txt')
write(c(1,2,3,4,5), file = 'ssdg/fgsfdg\\test3.txt')

他们都工作并创建文件。我还尝试了 dir.create() 与各种分隔符组合，并且所有这些都有效。看起来 R 知道在管理文件时要做什么并更正分隔符。

但是由于.rmd文件的编译是pandoc通过shell命令进行的，所以分隔符的混合没有固定，从而出现错误。

我觉得很奇怪，在错误日志中，pandoc是用Unix路径调用的

C:/Program Files/RStudio/bin/pandoc/pandoc

pandoc 如何运行并引发错误？

总结我需要我的代码在两个平台上运行。

更新2:我尝试从代码中的每个路径中删除空格。我还尝试将脚本和 rmd 文件移动到本地文件夹中的新项目，以检查 GoogleDrive 上共享项目所引入的问题。没有任何改进。

更新 3:我将此问题作为问题发布在 https://github.com/rstudio/rmarkdown 上。我实现了那里给出的建议(首先在与项目相同的文件夹中创建输出，然后将其移动到实际的目标文件夹)，但没有运气。但是我现在很确定问题出在临时文件的创建和检索上。

如果我在 Windows 上运行 tempdir() 它会返回:

tempdir()
[1] "C:\\Users\\LUCILL~1.RAV\\AppData\\Local\\Temp\\RtmpUrsOgH"

带有奇怪的缩短用户名，错误日志中也报告了该名称。

如果我运行:

normalizePath(tempdir())
[1] "C:\\Users\\lucilla.rava\\AppData\\Loc

我得到了正确的路径。

更新4:如果它有用:我每次打开 R 项目时都需要设置 pdftext 的路径。

在 .Rprofile 文件中我声明:

Sys.setenv(PATH = paste(Sys.getenv("PATH"), "C:\\Program Files\\MiKTeX 2.9\\miktex\\bin\\x64", sep = .Platform$path.sep))

更新5:看起来很奇怪，我们搬到了一台新的 Windows 计算机，这次编织成功了。不知道为什么...不过，如果有人仍然知道为什么，我们将不胜感激，因为另一台计算机是我同事的主工作站。

Answer 1

典型的 Windows 问题。路径中有“\”，需要将其替换为“/”

"Grafici Professioni/Periodo apr-14 ott-15 test/DH ALLERGOLOGIA - SAN PAOLO.pdf" --template "C:\Users\lucilla.rava\Documents\R\win-library\3.1\rmarkdown\rmd\latex\default.tex

到

"Grafici Professioni/Periodo apr-14 ott-15 test/DH ALLERGOLOGIA - SAN PAOLO.pdf" --template "C:/Users/lucilla.rava/Documents/R/win-library/3.1/rmarkdown/rmd/latex/default.tex