r - gplots 库中 Heatmap.2 函数的格式问题 - 边距和轴

Question

我已经使用 gplots 包中的 heatmap2 在 R 中创建了一个热图，但在尝试格式化图像以在报告中使用时遇到了很大的麻烦。

该图像表示小波系数的小相关矩阵的特征值，我希望用红色等强烈颜色表示最大特征值，使用柔和的黄色或类似颜色表示最小特征值。调色板并不是问题，而是颜色的表现。目前黄色代表最大的特征值，所以如果可能的话我希望颠倒顺序。

此外，是否可以旋转与下面第一张图片类似的图例，我已经检查了此类信息的帮助，但我所能找到的只是行和列标签旋转？

由于我的数据代表一周每小时采集的数据，因此如何更改 x 轴值以显示以下 12/24 小时向量:12,24,36,48,60,72,84,96,108,120,132,144,156,168。我尝试使用 cexCol 进行设置，但收到有关 cex.axis 长度错误的错误，并且我没有将其视为 heatmap2 中的参数。

par(mfrow=c(1,1))
heatmap.2(eigenvalsCombined,
          trace = "none",
          dendrogram = "none",
          Rowv = NULL,
          Colv = NULL,
          density.info = "none",
          margin = c(5,7),
          main = expression(paste("Heatmap of Largest Eigenvalues ",
                                  lambda[1], 
                                  " Across 7 Wavelet Scales")),
          xlab = "Time Index (hours)",
          key = TRUE,
          lmat = rbind(c(2,3),c(4,1)),
          key.title = NA,
          key.xlab = "Eigenvalue Magnitude")

正如您从下面的图片中看到的，主标题也被切掉了，我尝试过使用外部和内部边距，但这也没有任何影响。当我使用绘图仪中的缩放功能并放大图像时出现文本，这是否意味着我的格式正确？

对于那些对数据感兴趣的人，我已将 dput(eigenvalsCombined) 的副本发布到 google drive可供下载。

Answer 1

对于这样的任务，我喜欢调用 image 或使用 fields 包。对我来说，在这样的任务中使用 gplots 和 heatmap2 没有任何附加值。

library(fields)

sq <- c("", seq(12,168, 12))

par(mar=c(3.1,5.1,4.1,7.1), xpd=TRUE)
image(t(eigenCombined), col = rev(heat.colors(100)), 
            xaxt="n", yaxt="n", bty="n", xlim=c(-0.15,1),
      main=expression(paste("Heatmap of Largest Eigenvalues ",
                                                    lambda[1], " Across 7 Wavelet Scales")))
axis(4, at = seq(0,1, length.out = 7), 
     labels = rownames(eigenCombined), lty = 0, las=2)

axis(1, at = seq(0,1, length.out = length(sq)), 
     labels = sq, lty = 0, las=2)

image.plot(t(eigenCombined), legend.only = TRUE,
           col = rev(heat.colors(100)), 
           smallplot = c(0.05,0.1, 0.1,0.85))