r - 在 R 中的命名空间中导入有什么好处？

Question

R 的命名空间机制允许导出函数，然后这些函数对用户可见。此外，它还允许从其他包导入函数。虽然导出的好处是显而易见的，但我在理解进口的好处时遇到了更多问题。

一个好处似乎是，可以使用其他包中的函数而无需附加包，从而节省内存。 1.6.4 in the writing R extensions manual 部分对此进行了举例说明。 .

但是，导入功能肯定还有其他好处。特别是，section 1.6.6 (that deals with S4 classes)显示 stats4 包的命名空间:

 export(mle)
 importFrom("graphics", plot)
 importFrom("stats", optim, qchisq)
 ## For these, we define methods or (AIC, BIC, nobs) an implicit generic:
 importFrom("stats", AIC, BIC, coef, confint, logLik, nobs, profile,
            update, vcov)
 exportClasses(mle, profile.mle, summary.mle)
 ## All methods for imported generics:
 exportMethods(coef, confint, logLik, plot, profile, summary, show, update, vcov)
 ## implicit generics which do not have any methods here
 export(AIC, BIC, nobs)

这里导入的函数既不是 S4 类也不是泛型(在这些函数中使用导入也是有意义的，如 that section 中的示例中所述)，但是像 plot 这样的函数R 启动时自动加载的 graphics 包。

因此我的问题是，导入诸如 plot、optim 或 qchisq 之类的函数有什么好处？

Answer 1

如果函数 foo 是从 Bar 包中导入的，那么无论用户对其搜索路径执行什么操作，例如，通过附加也具有函数 foo 的包 Baz，都会找到该函数。如果没有 namespace ，包代码会突然发现自己使用 Baz::foo。还有效率问题(foo 是立即找到的，而不是在搜索路径上的所有符号之后找到)，但这些对于大多数应用程序来说可能是微不足道的。同样，importFrom 是对 import 的改进，因为它更少的冲突(或使用非预期函数)和更高效的查找。

对于 S4(和 S3)，事情可能会变得非常复杂。像 graphics::plot 这样的非泛型函数可以在两个不同的包中提升为泛型函数(使用 setGeneric)，并且每个泛型函数都可以附加自己的一组方法。包作者希望精确了解哪个 plot 通用，以及哪些方法调度表、它们的类和方法。

使用 pkg::foo 调用函数始终会解析为预期函数。它要求将 pkg 列在描述文件的 Depends: 字段中(可能在 Imports: 中，但不从 pkg 导入似乎是误导性广告)，从而污染用户的搜索路径。它还涉及两个符号查找和一个函数调用(::)，因此效率较低。我的懒惰和缺乏对细节的关注也认为使用 :: 是乏味且容易出错的。

包裹codetoolsBioC (通过 svn 使用用户名和密码 readonly)可以从现有包生成 NAMESPACE 文件(或者至少在最近对 R-devel 的更改在没有 NAMESPACE 的包上引入 NAMESPACE 之前可以)；我还没有在这样的包上尝试过 codetoolsBioC)。