java - 使用 ImageJ 从多个 ROI 获取 ImagePlus 对象

Question

我正在使用 ImageJ 的 Java API，需要根据多个选定的 ROI(感兴趣区域)计算一些数据。

首先，我使用

获取当前 ROI Manager 的实例

RoiManager roiMng = RoiManager.getInstance();

然后，我使用 Roi[] rois = roiMng.getRoisAsArray(); 获取管理器中的所有 ROI。

从这里，我需要获取 ROI 中的图像并从中获取一些数据。然而，我似乎只在 ROI 上调用 getImage() 时才得到 Null。

做类似的事情，

Roi roi = rois[0];
ImagePlus foo = roi.getImage();
int height = foo.getHeight();

在 foo.getHeight() 行给我“java.lang.NullPointerException”。

有人对这里可能发生的事情有任何想法吗？

谢谢!

Answer 1

您需要在 ImagePlus 上设置 roi 。然后，您可以通过调用duplicate()方法来复制由 Activity ROI定义的图像部分。

ImagePlus imp = IJ.getImage(); // get the (current) image from the active/selected window
...
imp.setRoi(rois[0]);
ImagePlus roiImp = imp.duplicate();

这样您将获得由 ROI 边界框定义的图像。复制方法要么创建整个图像的副本，要么创建 ROI 图像的副本(如果设置了 ROI)。

如果您不需要像素数据，但需要获取基于 ROI 的统计数据，您可能需要查看 https://imagej.nih.gov/ij/developer/api/ij/ImagePlus.html#getStatistics--和 https://imagej.nih.gov/ij/developer/api/ij/gui/Roi.html#getStatistics--

希望有帮助

菲利克斯