r - 来自另一个 Rmd 中的 Rmd 文件的源代码

Question

我正在尝试使我的代码更加模块化:在一个脚本中加载和清理数据，在另一个脚本中进行分析等。如果我使用 R 脚本，那么调用 source 就很简单了> 在 analysis.R 内的 data_setup.R 上，但我想在 Rmarkdown 文档中记录我为数据设置和分析所做的决定。因此，我尝试编写某种 source_rmd 函数，该函数允许我将代码从 data_setup.Rmd 获取到 analysis.Rmd 中。

到目前为止我尝试过的:

How to source R Markdown file like `source('myfile.r')`?的答案如果存在任何重复的 block 名称，则不起作用(这是一个问题，因为名为 setup 的 block 在 Rstudio 的笔记本处理中具有特殊行为)。 How to combine two RMarkdown (.Rmd) files into a single output?想要组合整个文档，而不仅仅是一个文档中的代码，并且还需要唯一的 block 名称。我已尝试按照 Generate Dynamic R Markdown Blocks 中的建议使用 knit_expand ，但我必须用双大括号中的变量来命名 block ，并且我真的很想要一种方法来使我的合作者也可以轻松使用它。并按照 How to nest knit calls to fix duplicate chunk label errors? 中的建议使用 knit_child仍然给我重复标签错误。

Answer 1

经过进一步搜索，我找到了解决方案。 knitr 中有一个包选项，可以设置它来更改处理重复 block 的行为，在标签后附加一个数字，而不是因错误而失败。请参阅https://github.com/yihui/knitr/issues/957 .

要设置此选项，请使用options(knitr.duplicate.label = 'allow')。

为了完整起见，我编写的函数的完整代码是

source_rmd <- function(file, local = FALSE, ...){
  options(knitr.duplicate.label = 'allow')

  tempR <- tempfile(tmpdir = ".", fileext = ".R")
  on.exit(unlink(tempR))
  knitr::purl(file, output=tempR, quiet = TRUE)

  envir <- globalenv()
  source(tempR, local = envir, ...)
}