kubernetes - 如何在本地Kubernetes或OpenShift集群上运行Snakemake工作流程？

Question

我们正在尝试在内部基础架构的Kubernetes上运行Snakemake工作流。我们正在MapR文件系统上更精确地使用OpenShift OKD。

我们遵循了official documentation命令:

snakemake --kubernetes --use-conda --default-remote-provider $REMOTE --default-remote-prefix $PREFIX

但是为 --default-remote-provider和 --default-remote-prefix提供的命令行帮助尚不清楚我们如何在本地Kubernetes或OpenShift集群上执行Snakemake管道:

--default-remote-provider: choose from 'S3', 'GS', 'FTP', 'SFTP', 'S3Mocked', 'gfal', 'gridftp', 'iRODS'

另外，官方文档指出:

In this mode, Snakemake will assume all input and output files to be stored in a given remote location, configured by setting $REMOTE to your provider of choice (e.g. GS for Google cloud storage or S3 for Amazon S3) and $PREFIX to a bucket name or subfolder within that remote storage.

所以我想知道:

应该如何继续将Snakemake工作流程部署到内部OpenShift / Kubernetes安装中？

是否有在本地群集上运行Snakemake的示例(例如github repo或Blog)？

特别是，我不确定应该选择哪个远程提供程序，以及如何提供前缀(可以将其链接到Kubernetes持久卷声明吗？)

非常感谢你的帮助!

Answer 1

对本地Kubernetes设置不是很熟悉，但是this segment of snakemake's documentation on cluster execution may help.
您突出显示的部分与计算集群的云实施更多相关。