r - 在 Fedora 27 中的 R 中安装 xml2

Question

我在运行 Fedora 27 的 RStudio 中安装 xml2 时遇到问题。在运行 install.packages('xml2') 时，出现以下错误:

installing to /home/ryi/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.4/xml2/libs
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
Error : /tmp/Rtmp2sKZQZ/R.INSTALL689b37bd918d/xml2/man/read_xml.Rd:47: unable to load shared object '/home/ryi/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.4/xml2/libs/xml2.so':
  libicui18n.so.58: cannot open shared object file: No such file or directory
ERROR: installing Rd objects failed for package ‘xml2’
* removing ‘/home/ryi/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.4/xml2’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘xml2’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpPs5Gzi/downloaded_packages’

我注意到在我的/usr/lib64/中，我只有libicui18n.so.57，所以我尝试复制libicui18n.so.58 那里，我收到以下错误:

installing to /home/ryi/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.4/xml2/libs
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
Error : /tmp/Rtmp908Ecf/R.INSTALL653812e0e41f/xml2/man/read_xml.Rd:47: unable to load shared object '/home/ryi/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.4/xml2/libs/xml2.so':
  libicuuc.so.58: cannot open shared object file: No such file or directory
ERROR: installing Rd objects failed for package ‘xml2’
* removing ‘/home/ryi/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.4/xml2’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘xml2’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpPs5Gzi/downloaded_packages’

我注意到同样的问题 - 我有这个库的 0.57 版本，而不是 0.58 版本。在我一遍又一遍地重复之前，这实际上是一个共享库问题吗？或者，有没有办法一次性解决这个问题？

我已经安装了 xml2 (libxml2-devel-2.9.5-2.fc27.x86_64)。

Answer 1

由于还没有人回答这个问题，而且我找到了一个很奇怪的解决方案，所以我想我应该更新一下有效的方法。

看来我的问题是，即使安装了 libxml2-devel，我在 /usr/lib64 中的库版本也与 RStudio 的 xml2 包所需的版本不同。例如，关于我在上面的问题中提到的特定软件包 libicuuc.so.58，只有 libicuuc.so.57 可以在 /usr/中找到lib64。

运行locate libicuuc.so.58，我发现anaconda3有正确版本的库，所以我通过简单地添加~/anaconda3/lib<暂时解决了上述问题 到 $LD_LIBRARY_PATH，大致如下 instructions here .

这有点hacky，但导致安装成功。

编辑(重要):将~/anaconda3/lib添加到.bashrc中的LD_LIBRARY_PATH 导致登录循环，可能是因为 Fedora 试图使用错误的库。为了解决这个问题，我添加了以下行:

LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/ryi/anaconda3/lib/
export LD_LIBRARY_PATH

到R_HOME/etc/ldpaths。