snakemake - 在 AWS Batch 中使用 Snakemake 工作流程

Question

我想问 Snakemake 社区是否有人在 AWS Batch 中成功实现了 Snakemake 工作流程。

2018 年 10 月最近发布的第 4 页似乎表明 Snakemake 在 AWS 上不起作用，因为它无法处理资源管理。这是出版物:Tibanna:用于在云上可扩展地执行可移植管道的软件 - https://www.biorxiv.org/content/early/2019/04/29/440974.full.pdf

是的，同一篇论文确实表明 Snakemake 可以很好地与 Google Cloud Platform (GCP) 配合使用。

但是，Snakemake 文档指出:“Snakemake 4.0 及更高版本支持通过 Kubernetes 在云中执行。这与云提供商无关。” - https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/executable.html#cloud-support

因此，我想知道是否有人使用 AWS Batch 实现了 Snakemake。

另外，在这个问题上，有没有人知道任何 github/bitbucket 页面详细说明了 Snakemake 与 GCP 的成功实现。

提前致谢。

Answer 1

此页面详细介绍了 Snakemake 在 GCP 或 AWS 等云环境中的使用:

https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/executing/cluster-cloud.html

AWS 实际上是通过 Tibanna 提供的。