r - 使用 ggfortify 和 ggrepel 进行 PCA

Question

我正在使用最大方差旋转进行主成分分析，并希望显示看起来足够简单的图，但是我的加载向量在某些地方非常接近，并且它们的因子的标签往往会重叠。这就是 ggrepel 用来分隔标签的地方。我现在的困境是弄清楚如何将两者联系起来。我使用自动绘图，它会自动添加所需的文本，这使得很难定义要排斥的文本。可能还有其他方法可以解决这个问题，我愿意接受建议。我的代码可以工作，但有重叠，并且我的尝试之一是排斥下面的代码。

autoplot(prcomp(built.df9),
loadings = TRUE, loadings.colour = 'blue', loadings.label = TRUE, 
loadings.label.size = 4, loading.label.color = 'red') +
ggtitle(label = "Principal Component Analysis and Varimax Rotation for Built 
Environment Indicators") +
geom_text_repel(aes(label = rownames(prcomp(built.df9))))

autoplot(prcomp(built.df9),
loadings = TRUE, loadings.colour = 'blue', loadings.label = TRUE, 
loadings.label.size = 4, loading.label.color = 'red') +
ggtitle(label = "Principal Component Analysis and Varimax Rotation for Built 
Environment Indicators")

Answer 1

您可以使用ggfortify包中的loadings.label.repel=T。

此示例使用相同的代码，只是使用 mtcars 数据集。

没有排斥标签:

library(ggplot2)
library(ggfortify)

autoplot(prcomp(mtcars),
         loadings = TRUE, loadings.colour = 'blue', loadings.label = TRUE, 
         loadings.label.size = 4, loading.label.color = 'red') +
  ggtitle(label = "Principal Component Analysis and Varimax Rotation for Built 
          Environment Indicators") 

带有排斥的标签:

autoplot(prcomp(mtcars),
         loadings = TRUE, loadings.colour = 'blue', loadings.label = TRUE, 
         loadings.label.size = 4, loading.label.color = 'red',loadings.label.repel=T) +
  ggtitle(label = "Principal Component Analysis and Varimax Rotation for Built 
          Environment Indicators")