r - 使用 RStudio 将 *.md 转换为 *.pdf

Question

我认为我遇到了 MikTeX 问题。在 RStudio 中，我单击 Knit PDF 按钮并收到此错误消息。

这是 pdfTeX，版本 3.1415926-2.3-1.40.12(MiKTeX 2.9 64 位)
pdflatex:找不到内存转储文件。
pdflatex:数据:pdflatex.fmt

然后我按照 http://docs.miktex.org/manual/formats.html 上的第一条指令进行操作然后我重新启动了计算机。

此时我不知道是否需要添加内存转储文件，如果需要，具体如何操作的详细信息。

然后我尝试了 Knit Word，效果非常好，生成了 Word 2007 文档。

我正在使用 RStudio。我有一个 R 标记文档 Ira.Rmd。它生成文件 Ira.md 和 Ira.html。我想另存为 Ira.pdf。我下载并在命令行上运行 pandoc

pandoc  Ira.md –o Ira.pdf. 

我收到以下错误消息。

Pandoc:从 TeX 源生成 PDF 时出错。这是 pdfTeX，版本 3.1415926-2.3.1.40.12Pdlatex:找不到内存转储文件。Pdlatex:数据:pdflatex.fmt

有人可以简单地解释一下如何执行此文件转换吗？我正在使用以下内容。

Windows 7。R版本:3.0.2RStudio 版本:0.98.684

我确实读过https://github.com/rstudio/rmarkdown但我仍然不明白如何转换我的文件。

更新我正在编辑我的问题。

我正在尝试将 R markdown 文件转换为 PDF。我在 R Studio 中创建了 RMD 文件。单击按钮，我成功生成了充满 R 代码的 HTML 文件。

我使用的是 R 版本 3.0.2

我使用的是 RStudio 版本 0.98.684

我不知道以下内容是否相关。

我的 .Rprofile 文件包含以下行。

setwd("C:/Users/Ira/Documents/Statistics")

我运行了以下内容

> getwd()
[1] "C:/Users/Ira/Documents/Statistics"

我已经尝试了所有建议。谢谢。但是，在尝试转换为 PDF 时，我继续收到错误消息。我最近的帖子试图发布错误消息。

真正的Rmarkup文件是:IraAppliedStats.Rmd

单击 Knit 会生成所需的 HTML 文件。

我成功运行了命令:

install.packages("devtools"); devtools::install_github("rstudio/rmarkdown")

library(rmarkdown)

我从控制台运行了以下命令，但收到错误。

render(input = "toPDF2.rmd", output_format = "pdf_document", output_file = "toPDF2.pdf")

我观察了监视器。生成几个 block 后，我开始看到多条消息，例如在几个 block 完成后如下所示。

*警告 (if (out_format(c("latex", "sweave", "listings", "markdown"))) sanitize_fn else str_c)(path, : 图形路径中的点替换为 _ ("IraAppliedStats_Rmd_files/figure-latex/unnamed-chunk-10")*

每个 block 都有以下消息。

没有 R 代码的普通文本

文档的大部分内容都是 R 代码。当我生成 HTML 文件时，会出现同一行。

错误消息的本质似乎是。

pandoc.exe:从 TeX 源生成 PDF 时出错。这是 pdfTeX，版本 3.1415926-2.3-1.40.12(MiKTeX 2.9 64 位)pdflatex:找不到内存转储文件。

然后，我使用记事本将以下两行添加到 IraAppliedStats.md 文件的顶部。

*标题:IraAppliedStats.md输出:pdf_文档*

我关闭了记事本。

我再次运行该命令。

render(input = "IraAppliedStats.Rmd", output_format = "pdf_document", output_file =    "IraAppliedStats.Rmd.pdf")

这似乎没有帮助，因为我再次收到一条错误消息，并且没有生成 PDF 文件。

添加/编辑结束

Answer 1

使用rmarkdown package (包含在 RStudio 版本 0.98.682，the current preview release 中)将 Rmd 转换为 PDF 非常简单，只有一个函数可以完成转换:render。

这是我的 markdown 文件(在 RStudio 中启动新 Rmd 时创建的示例)，假设它名为 Untitled.Rmd 并保存在工作目录中(并假设您的 LaTeX 发行版是完全是最新的，并且您拥有最新版本的 Pandoc):

---
title: "Untitled"    # you must have lines similar to these in your Rmd file
output: pdf_document # this is how R knows to convert this file to a PDF
---

This is an R Markdown document. Markdown is a simple formatting syntax for authoring HTML, PDF, and MS Word documents. Click the **Help** toolbar button for more details on using R Markdown.

When you click the **Knit** button a document will be generated that includes both content as well as the output of any embedded R code chunks within the document. You can embed an R code chunk like this:

```{r}
summary(cars)
```

You can also embed plots, for example:

```{r, echo=FALSE}
plot(cars)
```

Note that the `echo = FALSE` parameter was added to the code chunk to prevent printing of the R code that generated the plot.

然后我在控制台中运行:

library(rmarkdown)
render("Untitled.Rmd") # you could also use "Untitled.md"

然后我在工作目录中得到Untitled.pdf，如下所示:

或者，如果您无法使用该版本的 RStudio，或者不想包含这些 title: 和 output，这里是执行此操作的常用方法: Markdown 代码中的 行:

  # Load packages.  
  require(knitr)
  require(markdown)

  # Process your .Rmd and generate a .pdf file 
  # (including smart punctuation and grey background of code blocks)
  # For this step you'll need to have two other programs installed on your computer
  # 1. Pandoc: http://johnmacfarlane.net/pandoc/installing.html
  # 2. LaTeX: follow the instructions on the Pandoc download page

  filen <- my_rmd_filename # name of the markdown file without .Rmd suffix
  knit(paste0(filen,".Rmd"))
  system(paste0("pandoc -s ", paste0(filen,".md"), " -t latex -o ", paste0(filen,".pdf"), " --highlight-style=tango  -S"))

  # Now find the location on your computer where the PDF file was created:
  getwd()

有关我为此使用的软件包和版本的更多详细信息:

> sessionInfo()
R version 3.0.2 (2013-09-25)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252  LC_CTYPE=English_United States.1252   
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252 LC_NUMERIC=C                          
[5] LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] rmarkdown_0.1.4

loaded via a namespace (and not attached):
[1] evaluate_0.5.1 formatR_0.10   knitr_1.5      stringr_0.6.2  tools_3.0.2    yaml_2.1.10