r - 在 Dockerfile 中添加用于从 Github 安装的 R 包

Question

如何使用 github 和 Dockerfile 添加 R 包的安装说明。

R环境中常用的命令是:

devtools::install_github("smach/rmiscutils")

但到目前为止还没有成功。尝试将 github 存储库添加到安装说明中:

RUN install2.r --error \ 
    -r 'http://cran.rstudio.com' \
    -r 'http://github.com/smach/rmiscutils' 

但是我收到一个错误:

error in download. Status was '404 Not found'

也许使用普通的 R 调用，但无法计算命令。有什么提示吗？

Answer 1

试试这个:

RUN installGithub.r smach/rmiscutils \
&& rm -rf /tmp/downloaded_packages/

一个好的做法是删除所有下载的包以减小图像大小。

这里添加了从 Bioconductor 安装时的命令(以防有人在这里结束寻求帮助)

RUN install2.r -r http://bioconductor.org/packages/3.0/bioc --deps TRUE \
    phyloseq \
    && rm -rf /tmp/downloaded_packages/