Rmarkdown : different output folders, 共享库

Question

我有一个 .R 文件，其中对于列表中的每个唯一值，渲染多个不同的 .Rmd 文件。像这样的事情:

for (uddannelse in unique(c("Monkey","Horse"))) {
  rmarkdown::render("file1.Rmd", output_dir=file.path(getwd(), uddannelse) ,output_file=paste("file1", uddannelse,".html", sep="_"), encoding="UTF-8")
  rmarkdown::render("file2.Rmd", output_dir=file.path(getwd(), uddannelse), output_file=paste("file2", uddannelse,".html", sep="_"), encoding="UTF-8")
}

从渲染参数可以看出，html 输出应该进入列表中每个值的单独文件夹，在上面的示例中:文件夹:“Monkey”和文件夹“Horse”。

每个.Rmd文件都有以下前面的内容(文件转到静态html网站并且需要有self_contained: false:

---
output:
  html_document:
    theme: readable
    self_contained: false
    lib_dir: pub/libs
    css: pub/libs/custom_css/custom.css
    date: "`r format(Sys.time(), '%d %B, %Y')`"
---

但是:当我调用渲染函数时，我收到此错误:

Error in relativeTo(basepath, dir) :

The path C:/Users/ac/Dropbox/2014_07_WIP/pub/libs/jquery-1.11.0 does not appear to be a descendant of C:/Users/ac/Dropbox/2014_07_WIP/Monkey/

所以我猜 rmarkdwown::render 首先创建相对于 Rmd 文件的 lib 目录，但期望这些文件相对于输出文件放置。

如何解决这个问题，以便我可以在一个文件夹中拥有一组常见的 Rmd 输入文件，并在不同的文件夹中拥有输出，同时共享一个公共(public)库？

我试图在前面放置这样的东西。

---
output:
  html_document:
    theme: readable
    self_contained: false
    lib_dir: "`r file.path(uddannelse, "libs")`"
    css: "`r file.path(uddannelse, "libs", "custom_css", "custom.css")`"
    date: "`r format(Sys.time(), '%d %B, %Y')`"
---

我得到了这个错误:

  Error in yaml::yaml.load(front_matter) : 

  Parser error: while parsing a block mapping at line 3, column 5did not find expected key at line 5, column 50

Answer 1

我通过在渲染调用中传递一些前面的内容解决了我眼前的问题:

rmarkdown::render("file1.Rmd", 
                   output_dir=file.path(uddannelse),
                   output_file=paste("file1", uddannelse,".html", sep="_"),
                   output_options=list(html_document = 
                     list(self_contained = FALSE, 
                          lib_dir = file.path(uddannelse, "lib"),
                          css = paste("lib", "custom_css", "custom.css",
                                      sep="/"),
                          include = list(
                            after_body = file.path(uddannelse,
                                                  "footer_w_index.html")))),
                   encoding="UTF-8")

请注意，lib_dir 必须相对于 Rmd 文件，css 必须相对于输出文件。

出于某种原因 - 无论我使用 paste 还是 file.path(fsep="/", ...) css > 输出文件中的路径与 Windows 分隔符(“\”)链接 - 因此在例如火狐浏览器。