r - 维护 Windows 和 Linux 的本地存储库

Question

我有一些 R 代码，希望与办公室中的其他人共享，并且也会定期在我们的服务器上运行。我们都有 Windows 7 桌面，服务器运行 Red Hat Enterprise Linux。

我已经阅读了文档，但我被困住了。以下内容均不包含所有必要的步骤，详细说明了正确的文件夹结构，或告诉我如何构建 Linux 软件包，或在 Linux 上构建 Windows 软件包。

• http://cran.r-project.org/doc/contrib/Leisch-CreatingPackages.pdf
• http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-admin.html#Setting-up-a-package-repository
• Creating a local R package repository

所以我的代码在 git 中。

$ mkdir ~/daveStuff
$ cd ~/daveStuff
$ git init
$ git remote add origin git@davez0r.co:/opt/git/daveStuff.git
$ git pull origin master

现在在我的主目录中我有这个文件夹结构:

daveStuff
|-- DESCRIPTION
|-- R
    |-- stuff.R
|-- exec
    |-- script.R

我的描述文件如下所示:

Package: daveStuff
Type: Package
Title: What the package does (short line)
Version: 1.0
Date: 2014-02-03
Author: Who wrote it
Maintainer: Who to complain to <yourfault@somewhere.net>
Description: More about what it does (maybe more than one line)
License: What license is it under?

我正在我的一台服务器上运行 apache。所以我添加了这个:

/var/www/html/R/src/contrib/3.0/

这正确地映射到以下内容，我在其中读取了放置在那里的所有文件:

http://davez0r.co/R/src/contrib/3.0/

我希望能够在 Windows 或 Linux 上执行以下操作:

> install.packages("daveStuff", repos="http://davez0r.co/R", type="source")
> library(daveStuff)

所以第一步是我需要将我的库变成一个包。

$ cd ~   # one under the "daveStuff" directory
$ R CMD build daveStuff

这将创建一个 zip 文件:

~/daveStuff_1.0.tar.gz

现在我将该文件复制到我的存储库位置:

$ cp ~/daveStuff_1.0.tar.gz /var/www/html/R/src/contrib/3.0/

现在，如果我像这样:

> install.packages("daveStuff", repos="http://davez0r.co/R", type="source")

 Warning in install.packages :
   unable to access index for repository http://davez0r.co/R/src/contrib

它给了我一条错误消息，说它找不到该包。所以我创建了一个包 list :

$ cd /var/www/html/R/src/contrib # one under where I put the archive
$ Rscript -e 'tools::write_PACKAGES(".", type="source", subdirs=TRUE)'

这给了我一个PACKAGES文件:

 Package: daveStuff
 Version: 1.0
 MD5sum: 817bbfedeb218ce0331dd7108408c5e6
 NeedsCompilation: no
 Path: ./3.0

现在当我尝试加载它时它就可以工作了:

> install.packages("daveStuff", repos="http://davez0r.co/R", type="source")

Unresolved 问题:

• 我丢失了 exec 目录中的脚本。
  • 我应该将它们包装在函数中并将它们包含在库中吗？
• 我应该坚持使用源包吗？
  • 如何在 Linux 上制作 Windows 二进制包？

Answer 1

在我看来，您跳过了最后一步。

一个需要

1. 本地软件包(您拥有)
2. Linux 的压缩包和 Windows 的二进制包(不确定)
3. 本地存储库(您启动的)
4. 存储库中的元数据(您似乎错过了)

我在工作中通过一个简单的脚本进行类似的设置(一些 Windows，许多 Linux):

#!/bin/bash

## see e.g. 
## http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-admin.html\
##                                       #Setting-up-a-package-repository
## http://stackoverflow.com/questions/2905650/creating-a-local-cran-repository

ver=3.00

rsync -vu *tar.gz /SomeServer/R/src/contrib/
rsync -vu *zip    /SomeServer/R/bin/windows/contrib/${ver}/ 

cd /SomeServer/R/src/contrib/
r -e 'tools::write_PACKAGES(".", type="source")' 

cd /SomeServer/R/bin/windows/contrib/${ver}/
r -e 'tools::write_PACKAGES(".", type="win.binary")' 

我使用littler's这里使用 r 二进制文件，您同样可以使用 Rscript。