r - 如何使用巨大的栅格堆栈加速计算？

Question

我有四个相当大的 RasterStack，想对它们进行一些简单的计算。我怎样才能加快这些计算速度？我发现this approach using overlay() ，但是计算仍然需要很长时间。

我的 RasterStacks (s1,s2,s3,s4) 具有所有尺寸:26, 76, 1976, 3805 (nrow, ncol, ncell, nlayers) 我当前的代码如下所示:

out <- overlay(s1,s2,s3,s4, fun = function(rs1,rs2,rs3,rs4) {return((rs1+rs2-rs3-rs4)*1e3)})

有什么想法吗？

编辑:要生成 RasterStack(例如 s1)，您可以调用以下函数:

create_stack <- function(num.col,num.row,num.lay){
   r <- raster(matrix(runif(num.row*num.col,0,10), ncol=num.col, nrow=num.row),
        xmn=0, xmx=num.col, ymn=0, ymx=num.row )
   ll <- replicate(num.lay , r )
   return(stack(ll))
}

library(raster)
s1 <- create_stack(76,26,3805)

Answer 1

在处理大型栅格时，增加 block 大小有很大帮助。另外我建议将所有临时文件放在一个您可以轻松管理的目录中。

library(raster)
rasterOptions(tmpdir="C:\\", tmptime = 24, progress="text", timer=TRUE,
              overwrite = T, chunksize=2e8, maxmemory=1e8)