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我有一个数据框,其中包含一个长字符串,每个字符串都与一个“样本”相关联:
Sample Data
1 000000000000000000000000000N01000000000000N0N000000000N00N0000NN00N0N000000100000N00N0N0000000NNNN011111111111111111111111111111110000000000000000000N000000N0000000000N
2 000000000000000000000000000N01000000000000N0N000000000N00N0000NN00N0N000000100000N00N0N0000000NNNN011111111111111111111111111111110000000000000000000N000000N0000000000N
我想编写一个简单的方法,将这个字符串按以下格式分成 5 个部分:
Sample X
CCT6 - Characters 1-33
GAT1 - Characters 34-68
IMD3 - Characters 69-99
PDR3 - Characters 100-130
RIM15 - Characters 131-168
为每个样本提供如下所示的输出:
Sample 1
CCT6 - 000000000000000000000000000N01000
GAT1 - 000000000N0N000000000N00N0000NN00N0
IMD3 - N000000100000N00N0N0000000NNNN0
PDR3 - 1111111111111111111111111111111
RIM15 - 0000000000000000000N000000N0000000000N
我已经能够使用 substr
函数将长字符串分成单独的部分,但我希望能够将其自动化,这样我就可以在一个输出中获得所有 5 个部分。理想情况下,此输出也将是一个数据框。
最佳答案
这就是 ?read.fwf
的用途。
首先是一些看起来像您的问题的数据:
x <- data.frame(Sample = c(1, 2), Data = c("000000000000000000000000000N01000000000000N0N000000000N00N0000NN00N0N000000100000N00N0N0000000NNNN011111111111111111111111111111110000000000000000000N000000N0000000000N",
"000000000000000000000000000N01000000000000N0N000000000N00N0000NN00N0N000000100000N00N0N0000000NNNN011111111111111111111111111111110000000000000000000N000000N0000000000N"),
stringsAsFactors = FALSE)
现在使用read.fwf
,指定每个字段的宽度和它们的名称,并且都应该是character
模式。我们将示例数据的文本列包装在 textConnection
中,以便我们可以将其视为 read.*
和其他函数通常理解的连接。
(strs <- read.fwf(textConnection(x$Data), widths = c(33, 35, 31, 31, 38), colClasses = "character", col.names = c("CCT6", "GAT1", "IMD3", "PDR3", "RIM15")))
CCT6 GAT1 IMD3 PDR3 RIM15
1 000000000000000000000000000N01000 000000000N0N000000000N00N0000NN00N0 N000000100000N00N0N0000000NNNN0 1111111111111111111111111111111 0000000000000000000N000000N0000000000N
2 000000000000000000000000000N01000 000000000N0N000000000N00N0000NN00N0 N000000100000N00N0N0000000NNNN0 1111111111111111111111111111111 0000000000000000000N000000N0000000000N
现在遍历行并按照您的示例打印出每一行:
for (i in 1:nrow(strs)) {
writeLines(paste("Sample", i))
writeLines(paste(names(strs), strs[i, ], sep = " - "))
}
给予,例如:
Sample 2
CCT6 - 000000000000000000000000000N01000
GAT1 - 000000000N0N000000000N00N0000NN00N0
IMD3 - N000000100000N00N0N0000000NNNN0
PDR3 - 1111111111111111111111111111111
RIM15 - 0000000000000000000N000000N0000000000N
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