r - 如何获得第二个引用书目？

Question

在 rmarkdown PDF 和 HTML 我想要两份引用书目——一份用于论文/书籍，一份用于我在研究中使用过的软件。我发现this related issue但它并没有回答我的问题，因为它涉及将两个 *.bib 文件组合成一个引用书目。

我习惯将引用书目放在 <div id="refs"></div> 中如上所述 here 。也许可以用类似的方式放置第二个 <div id="refs_2"></div> ，但我不知道该怎么做，因为这个 "refs"似乎没有在任何地方定义。

我通常在 YAML header 中定义软件，如下所示

nocite: |
    @xie_knitr:_2018, @allaire_rmarkdown:_2018, @rstudio_team_rstudio:_2016, 
    @r_development_core_team_r:_2018

所以我不必每次都不断地将其复制粘贴到*.bib文件中(这对于一份引用书目效果很好)。理想情况下是这个nocite: -list 将显示为一个新的引用书目，标题为“软件”，位于另一个的下方，但我也对两个 *.bib 文件解决方案感到满意。

预期输出将是这样的:

有人以前做过这个并且可以解释如何做到这一点吗？

Answer 1

这并不完全是微不足道的，但却是可能的。以下使用 pandoc Lua 过滤器和 pandoc 2.1.1 及更高版本中可用的函数。您必须升级到最新版本才能使其正常工作。

通过将其添加到文档的 YAML 部分来使用过滤器:

---
output:
  bookdown::html_document2:
    pandoc_args: --lua-filter=multiple-bibliographies.lua
bibliography_normal: normal-bibliography.bib
bibliography_software: software.bib
---

然后添加 div 来标记引用书目应包含在文档中的位置。

# Bibliography

::: {#refs_normal}
:::

::: {#refs_software}
:::

每个 refsX<​​ div 的标题中都应该有一个匹配的 bibliographyX 条目。

Lua 过滤器

Lua 过滤器允许以编程方式修改文档。我们用它来单独生成引用部分。对于每个看起来应该包含引用的 div(即，其 ID 为 refsX<​​，其中 X 为空或您的主题名称)，我们创建临时虚拟对象包含所有引文和引用 div 的文档，但其中 bibliography 设置为 bibliographyX 的值。这使我们能够为每个主题创建引用书目，同时忽略所有其他主题(以及主要引用书目)。

上述步骤并不能解析实际文档中的引用，因此我们需要单独执行此操作。将所有 bibliographyX 折叠到 bibliography 元值中并在完整文档上运行 pandoc-citeproc 就足够了。

-- file: multiple-bibliographies.lua

--- collection of all cites in the document
local all_cites = {}
--- document meta value
local doc_meta = pandoc.Meta{}

--- Create a bibliography for a given topic. This acts on all divs whose ID
-- starts with "refs", followed by nothings but underscores and alphanumeric
-- characters.
local function create_topic_bibliography (div)
  local name = div.identifier:match('^refs([_%w]*)$')
  if not name then
    return nil
  end
  local tmp_blocks = {
    pandoc.Para(all_cites),
    pandoc.Div({}, pandoc.Attr('refs')),
  }
  local tmp_meta = pandoc.Meta{bibliography = doc_meta['bibliography' .. name]}
  local tmp_doc = pandoc.Pandoc(tmp_blocks, tmp_meta)
  local res = pandoc.utils.run_json_filter(tmp_doc, 'pandoc-citeproc')
  -- first block of the result contains the dummy para, second is the refs Div
  div.content = res.blocks[2].content
  return div
end

local function resolve_doc_citations (doc)
  -- combine all bibliographies
  local meta = doc.meta
  local orig_bib = meta.bibliography
  meta.bibliography = pandoc.MetaList{orig_bib}
  for name, value in pairs(meta) do
    if name:match('^bibliography_') then
      table.insert(meta.bibliography, value)
    end
  end
  doc = pandoc.utils.run_json_filter(doc, 'pandoc-citeproc')
  doc.meta.bibliography = orig_bib -- restore to original value
  return doc
end

return {
  {
    Cite = function (c) all_cites[#all_cites + 1] = c end,
    Meta = function (m) doc_meta = m end,
  },
  {Pandoc = resolve_doc_citations,},
  {Div = create_topic_bibliography,}
}

我将过滤器发布为官方支持的 Lua filters collection 的一部分。请参阅此处以获得更完整的最新版本，该版本也遵循 csl 和 nocite 设置。

有关 Lua 过滤器的更多信息和详细信息，请参阅 R Markdown docs .