r - 将频率矩阵转换为 R 中的有序对列表

Question

假设我有一个 3x3 的频率值矩阵。此矩阵中的每个单元格代表在特定位置检测到的实体数量(关于这些位置的细节对我们的目的无关紧要)。例如，第 1 行第 1 列中检测到 0 个实体；在第 2 行第 3 列中检测到 3 个实体；等

     [,1] [,2] [,3]
[1,]    0    1    0
[2,]    1    2    3
[3,]    0    1    1

我想将此矩阵转换为 nx2 数据框，其中 n 是在所有位置检测到的实体总数。在这种情况下，应该有 9 行，因为总共检测到 9 个实体。在我们创建的数据框中，第 1 列应包含实体的行索引，第 2 列应包含实体的列索引。

我们可以使用下面的代码来实现这一点，但这种方法对于较大的矩阵来说非常慢。

mat <- matrix(c(0,1,0,1,2,3,0,1,1), nrow = 3, byrow = TRUE)
x <- rep(NA, 9)
y <- rep(NA, 9)
count <- 0
for(i in 1:3){
    for(j in 1:3){
        while(mat[i,j] > 0){
            count <- count + 1
            x[count] <- i
            y[count] <- j
            mat[i,j] <- mat[i,j] - 1
        }
    }
}
df <- data.frame(x, y)

此代码为我们提供了以下 9x2 数据框:

x  y
1  2
2  1
2  2
2  2
2  3
2  3
2  3
3  2
3  3

我们解释这个数据框的方式是说在位置 (1,2) 检测到一个实体，在位置 (2,1) 检测到一个实体，在位置 (2,2) 检测到两个实体，等等在。此输出是正确的，但我更愿意使用更快的方法来获取它。

有更好的方法吗？

Answer 1

arr.ind 参数提供起点，即具有非零条目的索引，然后您可以rep()-通过条目值吃掉它们:

idxs <- which(dat > 0, arr.ind=TRUE)
idxs[ rep(1:nrow(idxs), dat[dat>0]), ]
      row col
 [1,]   2   1
 [2,]   1   2
 [3,]   2   2
 [4,]   2   2
 [5,]   3   2
 [6,]   2   3
 [7,]   2   3
 [8,]   2   3
 [9,]   3   3