rJava 安装失败(MacOS、Red Hat)

Question

我遇到了许多其他人似乎曾经遇到过的相同 rJava 问题。当R CMD INSTALL测试JNI程序是否可以编译时出现该错误。

输出建议运行R CMD javareconf -ed或sudo R CMD javareconf后者的输出是:

computer: home$ sudo R CMD javareconf
Java interpreter : /usr/bin/java
Java version     : 1.6.0_31
Java home path   : /System/Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents/Home
Java compiler    : /usr/bin/javac
Java headers gen.: /usr/bin/javah
Java archive tool: /usr/bin/jar
Java library path: 
JNI linker flags : -framework JavaVM
JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/include

Updating Java configuration in /Library/Frameworks/R.framework/Resources
Done.

之后尝试安装 rJava 时，

computer: home$ R CMD INSTALL ~/Downloads/rJava_0.9-4.tar.gz 
* installing to library ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library’
* installing *source* package ‘rJava’ ...
checking for gcc... gcc -arch x86_64 -std=gnu99
checking for C compiler default output file name... a.out
/* Passes all checks */
configure: checking whether gcc -arch x86_64 -std=gnu99 supports static inline...yes
checking whether setjmp.h is POSIX.1 compatible... yes
checking whether sigsetjmp is declared... yes
checking whether siglongjmp is declared... yes
checking Java support in R... present:
interpreter : '/usr/bin/java'
archiver    : '/usr/bin/jar'
compiler    : '/usr/bin/javac'
header prep.: '/usr/bin/javah'
cpp flags   : '-I/System/Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents/Home/include'
java libs   : '-framework JavaVM'
checking whether JNI programs can be compiled... configure: error: Cannot compile a simple JNI program. See config.log for details.

Make sure you have Java Development Kit installed and correctly registered in R.
If in doubt, re-run "R CMD javareconf" as root.

ERROR: configuration failed for package ‘rJava’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/rJava’
* restoring previous ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/rJava’

将 /usr/bin/javac 替换为 /System/Library/Frameworks/JavaVM.framework/Versions/CurrentJDK/Home 的替代尝试同样失败。

我运行的是 Mac OS 10.7.3 并且

computer: home$ java -version
java version "1.6.0_31"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_31-b04-415-11M3646)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 20.6-b01-415, mixed mode)

以下内容位于我的.bash_profile

export JAVA_HOME=/System/Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents/Home

此外，我在 Red-Hat 上也遇到同样的问题。我希望提供的任何修复程序也能在那里工作，但如果不起作用以及为什么不起作用，请解释一下。

我已经使用这个网站令人难以置信的知识库几年了，但这是我的第一篇文章。提前致谢。

我已经浏览过的一些(不是全部)资源是

• https://stat.ethz.ch/pipermail/r-devel/2008-November/051224.html
• https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2008-October/177688.html
• R: rJava package install failing

请注意，最后一个链接中的 apt-get 解决方案对我来说没有用(我认为)，除非有 port 的等效解决方案和/或嗯。

Answer 1

我使用的是Redhat Linux 7.1

我遇到了与上面相同的问题，我执行了以下步骤

1) 编辑/usr/lib64/R/etc/Renviron 并将“CPPFLAGS=${CPPFLAGS-'-ldl'}”添加到文件末尾

2)然后找到java home并如下设置(set java hometil/jre)

$export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-1.7.1-ibm-1.7.1.3.10-1jpp.1.el7_1.x86_64/jre
$export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin
$R CMD javareconf

3) 从命令行调用 R

$R
> install.packages("rJava")
> install.packages("RJDBC",dep=TRUE)
> q()
Save workspace image? [y/n/c]: y