r - 从 r 矩阵的每一行中减去不同的向量

Question

我正在使用 R。这些是我的数据:

• Prot_before:一个有 70000 行的矩阵，每行有两列:组(有 700 个组)和每个样本的值(有 120 个 sample )。

• Prot_healthy:一个 30000 行的矩阵，每行有两列:组(有 700 组)和每个样本的值(有 45 sample )。

对于 prot_before 中的每一行，我想找到它的值减去 prot_healthy 中该组中所有样本的值。

例如:

set.seed(100) 
Prot_before <- data.frame(cat = c(rep("aaa", 5), rep("bbb", 5), rep("ccc", 5)), val = runif(15))             
Prot_before <- df[order(df$cat, df$val), ]  
Prot_before  

set.seed(100) 
Prot_after <- data.frame(cat = c(rep("aaa", 5), rep("bbb", 5), rep("ccc", 5)), val = runif(15))             
Prot_after <- df[order(df$cat, df$val), ]  
Prot_after

现在我想要 prot_before 中每一行的结果，减去 prot_after 中同一组 aaa 等中的所有样本。因此，对于 prot_before 中的每一行，我得到 45 个结果。我尝试使用扫描，但不知道如何按组对所有样本重复该功能。

如果写得不对，我很抱歉，我经验不足。谢谢!

Answer 1

一种选择是将每个数据集按“cat”拆分放入一个列表中，然后使用outer对所有数据集进行减法使用 Map

对应 list 元素的组合行

Map(outer, MoreArgs = list(FUN = `-`), 
    split(Prot_before$val, Prot_before$cat), split(Prot_after$val, Prot_after$cat))

或者使用sapply和Map

Map(function(x, y) sapply(x, `-`, y),  
   split(Prot_before$val, Prot_before$cat), split(Prot_after$val, Prot_after$cat))