r - 从 R 中的现有数据框中提取数据(或 reshape )数据框

Question

我有一个正在使用的大型数据框，前几行如下:

      Assay   Genotype   Sample    Result
1     001        G         1         0
2     001        A         2         1
3     001        G         3         0 
4     001        NA        4         NA
5     002        T         1         0
6     002        G         2         1
7     002        T         3         0 
8     002        T         4         0
9     003        NA        1         N
10    003        G         2         1
11    003        G         3         1 
12    003        T         4         0

总共我将处理 2000 个样本，每个样本进行 168 次检测。对于每个样本，我想为每个样本提取“结果”中的数据，以创建一个列表或数据框，如下所示:

Sample  Data
   1    00N
   2    111
   3    001
   4    N00

由此产生的数据框(或类似的首选数据结构)将是 2000 行和 2 列。 “数据”行将包含 168 个字符，每个字符代表每个“分析”。

谁能帮我解决这个问题？

Answer 1

一种使用包 plyr 和基本函数 paste 的方法:

library(plyr)
ddply(dat, "Sample", summarize, Data = paste(Result, collapse = ""))

  Sample Data
1      1  00N
2      2  111
3      3  001
4      4 NA00

编辑以解决问题

我能想到的将 NA 更改为 N 的最简单方法可能是对 ddply 的结果使用 gsub。请注意，我慷慨地借用了@Brian re: ordering 提供的非常好的观点。这样做，这是一个很好的提示!

out <- ddply(dat, "Sample", summarize, Data = paste(Result[order(Assay)], collapse = ""))

然后使用gsub

out$Data <- gsub("NA", "N", out$Data)

等等:

  Sample Data
1      1  00N
2      2  111
3      3  001
4      4  N00