r - 在 ggplot 中绘制 RDA(素食主义者)

Question

我还是 R 的新手，正在尝试学习如何使用 vegan 库，我可以使用普通绘图函数在 R 中轻松绘制它。当我想在 ggplot 中绘制数据时，问题就出现了。我知道我必须从我创建的列表中提取正确的数据，但是提取哪些数据以及如何提取？我一直在练习的数据集可以在这里下载 https://drive.google.com/file/d/0B1PQGov60aoudVR3dVZBX1VKaHc/view?usp=sharing我一直用来转换数据的代码是这样的:

library(vegan)
library(dplyr)
library(ggplot2)
library(grid)
data <- read.csv(file = "People.csv", header = T, sep = ",", dec = ".", check.names = F, na.strings=c("NA", "-", "?"))
data2 <- data[,-1]
rownames(data2) <- data[,1]
data2 <- scale(data2, center = T, scale = apply(data2, 2, sd))
data2.pca <- rda(data2)

这给了我一个列表，我可以使用基本的“plot”和“biplot”函数绘制，但我不知道如何在 ggplot 中绘制 PCA 和 biplot。我还想按组为数据点着色，例如性别。任何帮助都会很棒。

Answer 1

您可以为此使用我的ggvegan 包。它仍在开发中，但可用于某些对象类，包括 rda 和 cca 对象。

假设您可以简单地执行示例数据和分析:

autoplot(data2.pca, arrows = TRUE)

得到你想要的那种双标图。这产生

您可以通过以下方式获取网站标签

autoplot(data2.pca, arrows = TRUE, geom = "text", legend = "none")

它还显示了如何在需要时抑制图例(legend.position 采用适合 ggplot2 中相同主题元素的值)。

除了使用 autoplot() 方法(现在!)之外，您没有大量的控制权，但是您可以使用 fortify() 来按照 ggplot2 要求的方式获取数据，然后使用其他答案中的想法或研究 ggvegan:::autoplot.rda 的代码以了解具体细节。

您需要从 github 安装 ggvegan，因为该软件包尚未在 CRAN 上:

install.packages("devtools")
devtools::install_github("gavinsimpson/ggvegan")

这将为您提供 0.0-6(或更高版本)版本，其中包括一些小调整以生成比以前版本更整洁的图。