string - 字符串 B 在 A 的子字符串中的最佳对齐方式 -- 生物信息学

Question

我有两个字符串 A 和 B，比如说

A = AATCGGATATAG
B = CGATA

你们中的一些人可能知道两种类型的对齐:

• Global Alignment
• Local Alignment

但我想实现一种对齐方式，该对齐方式采用 A 的最佳 整个子字符串，如果与 B 对齐，则会产生最佳对齐方式

例如:

A,B -- Alignment algorithm --> AATCGGATATAG 
                                  CG-ATA

到目前为止，我一直在使用 Smith-Waterman Algorithm

有人知道解决这个问题的任何建议吗？

提前致谢!

Answer 1

Smith-Waterman 仍然是您应该使用的算法。为了对齐完整的序列，您应该将空位惩罚更改为 0。这将使 S-W 更倾向于使用空位而不是不匹配，并根据需要添加尽可能多的空位以包含整个序列。

例如，使用标准核苷酸 4.4 替换矩阵将空位罚分设置为 0 将进行此比对:

A =  AATCGGATATAG
B =     C-GATA