r - 有条件地逐列替换领先和落后的 NA

Question

我很难根据第一个和最后一个非缺失值的不同条件以不同方式填充 NA。
背景:人们接受白内障手术并将晶状体状态从 phak 更改为 pseudo。如果第一个非缺失值是“phak”，则这一定存在于之前未记录的观察中。如果最后一个非缺失值是'pseudo'，这可以继续进行，因为状态不能变回'phak'。
不能简单地使用像 zoo::na.locf 这样的函数，因为如果开关之间有 NA，我们将无法判断操作的确切时间，这些值应该保持为 NA . Thus, it is not a "sandwich" problem

library(tidyverse)

a <- c(NA, 'phak', NA, 'pseudo', NA)
b <- c(NA, 'pseudo', NA, NA, NA)
c <- c('phak', 'phak', NA, NA, NA)

dfoo <- data.frame(a,b,c, stringsAsFactors = FALSE) %>% gather(eye, status)
dfoo
#>      eye status
#> 1      a   <NA>
#> 2      a   phak
#> 3      a   <NA>
#> 4      a pseudo
#> 5      a   <NA>
#> 6      b   <NA>
#> 7      b pseudo
#> 8      b   <NA>
#> 9      b   <NA>
#> 10     b   <NA>
#> 11     c   phak
#> 12     c   phak
#> 13     c   <NA>
#> 14     c   <NA>
#> 15     c   <NA>

所需的数据框:

#>      eye  status
#> 1      a   phak
#> 2      a   phak
#> 3      a   <NA>
#> 4      a pseudo
#> 5      a pseudo
#> 6      b   <NA>
#> 7      b pseudo
#> 8      b pseudo
#> 9      b pseudo
#> 10     b pseudo
#> 11     c   phak
#> 12     c   phak
#> 13     c   <NA>
#> 14     c   <NA>
#> 15     c   <NA>

下面的方法适用于一个简单的向量，但我很难在一个数据框中按组使用这个解决方案。

# by vector:
# first conditionally replace leading NAs
if(a[min(which(!is.na(a)))] == 'phak') {a[1 : min(which(!is.na(a)))] <- 'phak'}
# next conditionally replace last NAs
if(a[max(which(!is.na(a)))] == 'pseudo') {a[max(which(!is.na(a))): length(a)] <- 'pseudo'}

a
#> [1] "phak"   "phak"   NA       "pseudo" "pseudo"

^{由 reprex package 创建于 2019-12-16 (v0.3.0)}

Answer 1

这是一种可能的 tidyverse 方法:

1. group_by视线水平
2. 创建两个临时列 phak和 pseudo分别替换所有"pseudo"值和 "phak"值 NA
3. fill phak列使用 .direction = "up"
4. fill pseudo列使用 .direction = "down"
5. coalesce phak和 pseudo列回到列中 status

library(tidyverse)

dfoo %>%
    group_by(eye) %>%
    mutate(
        phak = na_if(status, "pseudo"),
        pseudo = na_if(status, "phak")
    ) %>%
    fill(phak, .direction = "up") %>%
    fill(pseudo, .direction = "down") %>%
    transmute(status = coalesce(phak, pseudo)) %>%
    ungroup()
#> # A tibble: 15 x 2
#>    eye   status
#>    <chr> <chr> 
#>  1 a     phak  
#>  2 a     phak  
#>  3 a     <NA>  
#>  4 a     pseudo
#>  5 a     pseudo
#>  6 b     <NA>  
#>  7 b     pseudo
#>  8 b     pseudo
#>  9 b     pseudo
#> 10 b     pseudo
#> 11 c     phak  
#> 12 c     phak  
#> 13 c     <NA>  
#> 14 c     <NA>  
#> 15 c     <NA>

数据

dfoo <- structure(list(eye = c("a", "a", "a", "a", "a", "b", "b", "b", 
            "b", "b", "c", "c", "c", "c", "c"), status = c(NA, "phak", NA, 
            "pseudo", NA, NA, "pseudo", NA, NA, NA, "phak", "phak", NA, NA, 
            NA)), row.names = c(NA, -15L), class = "data.frame")